肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境生存分析与-生信自学网

肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境生存分析与临床相关性分析

1、微环境生存分析
我们已经将微环境的打分跟生存时间和生存状态进行了合并，接下来我们就可以做微环境的生存分析，微环境的生存分析的话，我们就可以得到三个生存曲线，首先是基质细胞的生存曲线，还有就是免疫细胞的生存曲线，最后就是两者的综合打分的生存曲线。下面我们看一下生存分析得到的结果，我们先看一下基质细胞的一个生存分析。我们可以看到它的横坐标就是生存时间，纵坐标就是生存率。随着时间的推移，病人的生存率是下降的，然后根据这个基质细胞的打分，我们可以将病人分成高低打分两组，我们通过比较生存之间是否具有差异，就可以得到这样一个P值。如果P小于0.05，就说明按照机制细胞对样品进行分组。得到的高低打分组，它的生存是有差异的。也就是说，如果P小于0.05，就证明基质细胞的含量跟生存是相关的，我们就可以得到这样的结论。然后图形的下半部分是每个时间点对应的高低打分组病人的数目。我们再看一下免疫细胞的生存分析，我同样可以得到这样的生存曲线。

要得到生存分析的图形，我们先要准备输入文件，就是我们之前得到的肿瘤微环境和生存时间生存状态合并后的文件scoreTime.txt，还有我们的脚本文件。

我们打开R，将我们的脚本文件配置好工作路径，拷贝到R中运行，等待运行完成，我们就可以得到三个打分的生存分析的结果和图片，这个就可以用做文章的发表。

2、临床相关性分析
在进行完微环境的生存分析后，我们接着要进行微环境的临床相关性分析，看一下我们得到的基质细胞的打分和免疫细胞的打分。它跟哪些临床性状是具有相关性的？通过分析，我们会得到下面的图形，就是基质细胞的打分和免疫细胞的打分分别与这个分期的关系。在这个图形中，横坐标是病人的分期，纵坐标是基质细胞的打分。我们通过图形可以看到，上面的连线连接的两个分期是具有差异的，比如第一个图中的第一个分期就和其他的三个分期都具有差异。

下面我们看一下做这个图形需要的输入文件，我们需要的文件是微环境的打分文件scores.txt以及我们的临床数据文件clinical.xls，打开临床数据文件，将里面的生存时间和生存状态删除，然后再对剩下的数据进行分组，一般我们把它分为两组，分组好后，将所有的数据拷贝到一个新的文本文档中，这样我们的输入文件就准备好了。