网络核心基因与cox分析输入文件的准备

找出网络核心基因

我们构建好蛋白互作网络后，就可以通过蛋白互作网络找出网络的核心基因。我们这里找核心基因的方法就是看每个基因它的邻接节点数目，如果某个基因邻接节点数目越多的话，就说明这个基因在这个网络起的作用越关键，它就可能是网络的核心基因。
我们可以得到这样一个表格。在这个表格里面，它的第一列就是基因的名称，第二列就是这个基因的邻接节点的数目。同时我们可以绘制这样的柱状图，它的纵坐标就是基因的名称，它的横坐标就是每个基因它的邻接节点的数目，如果这个柱子越长的话就说明这个基因他在这个蛋白互作网络里面起的作用越关键。

下面我们来看一下怎么统计基因的邻接节点的数目，我们先要准备好我们的输入文件Network.txt，这个文件我们在之前的文章中已经得到。接着是我们的脚本文件，该文件由我们生信自学网提供。

下面我们运行我们的脚本文件，打开R将我们的脚本文件拷贝到里面运行，运行完成后，我们就可以得到一个统计后的文件，和一个柱状图。

准备cox分析的输入文件

找到了蛋白互作网络的核心基因后，接下来我们就要使用cox方法找到预后相关的基因，那么我们在cos分析之前需要准备好cos分析需要的输入文件。那输入文件的话，我们需要得到以下信息，首先第一列是样品的名称，第二列就是生存时间，它的单位是天，第三列的话是生存状态，0代表这个病人还存活着，1代表这个病人已经死亡，接下来就是所有差异基因的表达量。有了这个表格，我们就可以将每个基因跟生存时间和生存状态进行比较，找出预后相关的基因。