Cox分析与预后相关的核心基因

Cox分析
我们已经得到了Cox分析需要的输入文件，接下来我们就可以进行Cox分析，首先我们要知道Cox分析的目的，Cox分析的目的就是找出预后相关的基因，然后通过Cox是分析，我们就可以得到如下的森林图。

在这个图形里面，他的第一列是基因的名称，然后第二列的话是Pvalue，如果批小于0.05就说明这个基因跟预后是相关的。如果这个P大于0.05，就说明这个基因跟预后的相关性不显著，然后就是hr值，hr值如果大于1的话就说明这个基因它是高风险的基因，也就说这个基因的表达越高，病人风险也越高，如果这个hr值它是小于1的话，就说明这个基因，它是低风险的基因，也就是说这个基因表达越高，病人的风险越低。
右边这个森林图的话，就是对这个hr值进行可视化。如果这个基因是高风险的基因，我们就用红色表示。如果这个基因是低风险的基因的话，我们就用绿色表示。从图中可以看出，我们这里的基因，它的值都大于1，就说明这里的基因全部是高风险的基因，所以这里面的颜色都是红色。

下面我们来绘制这个图形，我们的输入文件已经准备好了，就是生存时间、生存状态和基因表达量合并的文件。脚本文件是由生信自学网提供，感兴趣的学员可以通过下方链接购买我们的课程。

接着我们打开R，将我们的脚本文件拷贝到R中运行，等待运行结束，我们就可以得到一个森林图和一个cox的结果文件，它把预后相关的基因全部保留了下来。

预后相关的核心基因
我们已经找到了蛋白互作网络的核心基因。同时找到了预后相关的基因，接下来我们就可以将蛋白互作网络的核心基因和预后相关的基因取交集，得到预后相关的核心基因。
我们就可以得到这样的韦恩图，在这个韦恩图里面，左边是蛋白互作网络的核心基因，我们选取前30个基因，作为PPI网络的核心基因。然后用这30个基因跟我们预后相关的基因进行取交集，最后我们得到一个预后相关的核心基因。那么我们后续做单基因的分析的时候就使用这个基因去做后续分析，当然我们的参考文献里面，它是得到了两个预后相关的核心基因。那么我们在做完这个交集之后，就要从两个基因里面选一个基因进行后续的分析。