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TCGA数据库基因表达差异和生存分析(生存曲线SC

时间:2017-12-31 15:15来源:原创 作者:森莘 点击:
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主要内容如下:
1. 从TCGA数据库下载转录组FPKM数据,lncRNA数据,miRNA数据,以及临床数据。
2. 数据整理,并且加上gene type。
3. 提取客户指定基因的生存数据(也可以某种癌症全部基因的生存分析)。
4. 下载临床数据,并将客户指定基因和生存数据合并。
5. 差异分析,绘制柱状图和散点图。
6. 生存分析,绘制生存曲线并计算高低组五年生存率(文章中必须要要有五年生存率)。
图1:TCGA单个基因表达量散点图
FPKM散点图
图2:TCGA单个基因生存曲线
TCGA数据库单个基因生存曲线




责任编辑:森莘
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