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运行生信自学网perl脚本报错merge.pl或者singleGene

时间:2020-04-08 07:38来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
运行生信自学网perl脚本报错merge.pl或者singleGene.merge.pl
TCGA数据库是当前研究的热点,对于没有接触过这个数据的学员来说,提取和整理数据又是一个比较难的问题,当然也有很多数据库提供整理好的数据,但是毕竟绝大部分整合网站无法做到即使更新,这就需要我们从TCGA官网下载和整理数据,这样才是最可靠的。

生信自学网为广大学员录制了一系列TCGA挖掘的课程,希望对大家学习有所帮助,在实际学习过程中,做到merge这一步时,有些学员经常遇到提取时报错或者提取的样本都为0的问题,遇到这样的问题,需要从一下几方面查找原因:
1、命令输错了,我们来看下这一步的操作命令:perl merge.pl metadata.cart.2020-04-08.json


2、下载的数据是否已经解压,在运行生信自学网merge.pl时,下载每个样本的每个文件首先需要整合到一个文件夹,然后再解压,最后才是merge



3、很多学员在下载数据时,没有下载最新的metadata文件,而是用课程资料的metadata文件,因为每个肿瘤的样本名和文件名是不同的,而metadata.cart.2020-04-08.json就是保存每个样本名和文件名的,如果不是对应的,当然运行出来就是0


4、这个问题也比较常见,就是学员电脑没有按照perl软件,这样的话,是无法运行pl脚本的,所以要线安装好perl软件,检查是否安装的办法,在cmd终端输入:perl -v,就可以查看是否安装和已经按照的perl版本,建议按照最新版草莓版perl

5、如果检查以上问题都没有,那还有一个原因可能是从非官方获取获取的代码,非正规渠道获取的代码是运行不出来的,如果是这样可以联系微信:18520221056,购买课程或者支付咨询费解答问题,购买课程提供课程答疑

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责任编辑:乐伟
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