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TCGA联合GEO数据库NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套

时间:2021-10-19 14:33来源:生信自学网 作者:伏泽 点击:
TCGA联合GEO数据库NMF聚类识别肿瘤分子亚型文章套路(MCPcounter免疫细胞浸润)
课程目录:
NMF分型文章套路简介,转录组数据下载,转录组数据整理,id转换,临床数据下载,临床数据整理,提取TME基因表达量,GEO数据下载,GEO数据注释,TCGA突变数据下载,计算肿瘤突变负荷,差异分析,提取差异基因表达量,TCGA表达数据和生存数据合并,GEO表达数据和生存数据合并,样品分型(NMF),分型生存分析(OS),分型生存分析(PFS),MCPcounter免疫细胞浸润,免疫细胞差异分析,桑基图,预后模型构建,分组的临床统计,生存分析,ROC曲线,临床分组的模型验证,独立预后分析,列线图和校准曲线,DCA决策曲线,模型比较(ROC),模型比较(C-index),GSEA富集分析,临床相关性分析,基因相关性分析,免疫细胞相关性分析,肿瘤突变负荷相关性,IMvigor210模型验证,IMvigor210免疫治疗分析。
购买课程:《NMF聚类识别肿瘤分子亚型》
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责任编辑:乐伟
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