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exoRBase外泌体数据库挖掘(环状RNA/lncRNA/mRNA/ceRNA调

时间:2019-11-08 21:25来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
exoRBase外泌体数据库挖掘(环状RNA/lncRNA/mRNA/ceRNA调控网络)

ExoRBase数据库:

外泌体(exosome),是由细胞分泌的一种直径在30-150nm之间的囊泡,属于细胞外囊泡的一种,含有不同种类的RNA,可以调节受体细胞的行为,并且可以作为疾病的循环生物标记物,在血液,唾液,尿液等多种体液种都广泛存在。

exoRBase数据库收集的血液外泌体样本种各种RNA的数据,包括circRNAlncRNAmRNA等。一共92个样本,58330circRNA15501lncRNA18333mRNA

癌症种类:Normal正常样本32

CHD冠状动脉心脏疾病6

CRC结肠癌12

HCC肝细胞癌21

PAAD胰腺癌14

BC乳腺癌2

WhB全血样品5
购买课程:《exoRBase数据库挖掘》

课程目录:

ExoRBase外泌体数据库简介,软件准备,exoRBase数据下载,mRNA差异分析,lncRNA差异分析,circRNA转换idcircRNA差异分析,预测mRNA结合的miRNA,预测lncRNA结合的miRNA,预测circRNA结合的miRNACytoscape输入文件准备,调控网络可视化,symbol转换为idGO富集分析,KEGG富集分析。

预测mRNA结合的miRNA 软件:TargetScanmiRanda

预测lncRNA结合的miRNA 软件:miRcode

预测circRNA结合的miRNA 软件:ENCORI(以前叫starbase




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