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单细胞测序分析试学视频(GEO数据库/scRNA-seq/PCA/

时间:2019-06-20 14:28来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
单细胞测序数据挖掘视频(GEO数据库/scRNA-seq/PCA/ tSNE)

生信自学网已经给大家准备好了课程:
《单细胞测序数据挖掘》

单细胞测序
单细胞测序是指在单个细胞水平上进行测序。单细胞转录组测序(single cell RNA ,scRNA-seq)是指对于单个细胞水平上将mRNA反转录扩增后进行高通量测序的技术。
单细胞测序通过在单个细胞水平上进行测序,解决了用组织样本无法获得不同细胞间的异质性信息或样本量太少无法进行常规测序的难题,为科学家研究单个细胞的行为、机制等提供了新的方向。
课程主要内容:
简介
数据下载
数据整理
质控和数据过滤
PCA分析
TSNE分析
Marker基因
注释细胞类型
细胞轨迹分析
GO富集分析和圈图
KEGG富集分析和圈图

单细胞基因组测序主要包括四个步骤:单细胞分离——扩增——高通量测序——数据分析。
单细胞测序的优势:
目前常规的测序主要是数百万甚至更多细胞的混合DNA样本。这种方法能够得到基因表达信息,但是对其进行研究得到的结果只是一群细胞中信号的平均值,或者只代表其中占优势数量的细胞信息,单个细胞独有的特性被忽视。
单细胞RNA-seq能够独立地提供每个细胞的RNA表达谱,并鉴定异质细胞群中的稀有细胞。尽管肿瘤异质性可归因于积累突变,但即使是遗传上相同的细胞在相同环境下也可能表现出基因和蛋白表达水平的差异,单细胞RNA-seq就能够发现这些稀有个体,比如在肿瘤组织中,肿块中心的细胞,肿块周围的细胞,淋巴转移灶的细胞,以及远端转移的细胞,其基因组和转录组等遗传信息,是存在差异的。





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责任编辑:乐伟
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