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基于ssGSEA的免疫基因集文章套路试学视频(单样本

时间:2019-09-16 12:07来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
基于ssGSEA的免疫基因集文章套路视频

课程目录:

ssGSEA基因集文章talus简介,转录组数据下载,转录组数据整理,id转换,临床数据下载,临床数据整理,ssGSEA分析,聚类分析,通过热图确定免疫分组,肿瘤微环境,肿瘤微环境热图,免疫分组和肿瘤微环境相关性,HLA相关基因表达,免疫分组和HLA相关性,免疫分组和PD-L1相关性,生存分析输入文件准备,免疫分组和生存相关性,免疫细胞浸润,免疫分组和免疫细胞相关性,GSEA输入文件准备,GO富集分析,KEGG富集分析,GSEA气泡图

内容简介:

We analyzed 29 immune-associated gene sets which represented diverse immune cell types, functions, and pathways. We used the ssGSEA to quantify the activity or enrichment levels of immune cells, functions, or pathways in the cancer samples.

ssGSEA(single sample GSEA)主要针对单样本无法做GSEA而提出的一种实现方法,原理上与GSEA是类似的。ssGSEA根据表达谱文件计算每个基因的rank值,再进行后续的统计分析。



 

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责任编辑:乐伟
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