TCGA数据库包括丰富的数据类型和肿瘤类型,不需要任何费用即可获得大量数据,其次在TCGA下载的数据已经经过了前期繁琐的标准化处理,节省了人工处理时间和资源。
甲基化驱动基因分析,主要用到MethyIMix分析方法:1、计算基因甲基化水平和基因表达相关性,找到显著相关的基因。
2、对样品甲基化程度构建混合模型(mixture model)
3、Wilcoxon rank test计算正常组和处理组的差异甲基化
4、对计算的p值进行矫正
课程包括以下及部分的内容:
1、甲基化驱动基因课程简介
2、甲基化驱动基因数据准备
3、甲基化驱动基因MethyIMix数据分析
4、甲基化驱动基因MethyIMix绘制图形
5、甲基化驱动基因热图绘制
6、甲基化驱动基因PATHWAY分析
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