生信应用perl语法基础-生信自学网

Perl 最初是Unix 系统管理员的工具，平日用来处理无数繁琐的事物。时至今日，Perl 已发展成一套功能齐备的程序语言，横跨所有的操作平台，其用途包括Web 程序设计、数据库操作、XML 处理以及系统管理等。在Perl 擅长处理的问题中，其中约有90%与文本处理有关，所以Perl 拥有优异的文本处理能力。

Perl 有强大的字符串处理能力，尤其是在正则表达式上的应用、语法及程序结构等方面，perl 能提高字符串处理的速度。
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《Perl语言在生信中的应用》
《R语言生信绘图实操》
一、Perl 语言特点
Perl 不随意限制数据的大小，只要你有充足的内存。递归的深度也不受限制。关联数组使用可以根据需要扩展以避免性能衰退。Perl 能利用复杂的模式匹配技巧来快速扫描大量数据。除了善于处理文本，Perl 也能处理二进制数据[2]。Perl 语言的优点：（1）强大的正则表达式和模式匹配功能（接近理想的正则表达式语言）；（2）复杂灵活的数据结构（Array of Array，Array of Hash，Hash of Array，Hash of Hash 等）；（3）Unicode 支持（相对AWK 与C）

Perl 语言的缺点：（1）动态类型语言，不是很可靠；（2）自然语言，是优点也是缺陷，使得Perl 语言代码可能晦涩难懂；（3）智能语言，是优点也产生不足：根据上下文解释编程者之意，可能产生臆断；也因此产生种种编程陷阱；（4）不是很优美。多种方法做事，有时会让编程者无所适从；（5）性能问题。Perl 灵活的数据结构和处理性能通常不是很高（相对C/C++），若需要高性能的处理有时需要使用其它语言重写。
perl语言的核心是正则表达式，在文本处理上非常有优势，与python类似，但语法不同，perl的语法很灵活，用多了才会觉得好用。

常用知识点总结：
·        perl语法类似于C语言（perl源于Unix），语句由逗号划分，代码层次使用花括号{}划分，但是不必声明变量类型；
·        标量变量（$name），数组（@name），哈希结构（%name），类型标识符，文件句柄没有标识符；
·        哈希结构可以使用列表创建，但不要以为它也是由圆括号括起来的；在使用键时，用花括号。（特别注意）
·        数字之间比较用（==、>=、<=、!=），字符串之间比较则用（eq、gt、lt、ge、le）
·        print函数，不一定需要括号。几种情况：print $name(直接输出) ；print ‘$name’（基本不用，错误的，原样输出）；          print “$name”（有时会用，会自动替换）; print 函数在做文件输入时（文件句柄），不能有逗号，只能用空格。
·        @_ 是函数传参时放置参数的数组，可以从中取实参；$_ 是默认参数的意思，指的是在不指定的情况下，程序处理的上一个变量；shift 是将数组的第一个元素 $array[0] 移走, 并将这个元素回传(return) （堆栈一节有详细讲解）。
·        shift函数是取数组的第一个元素，缺省就取@_的第一个函数，这句一般用在程序的开头，用于接收程序的参数，或者子函数的开头，用于接收子函数的参数。
·        句柄和文件的关系，文件必须被打开，并赋与句柄，才能操作；有的句柄可以直接使用，如STDIN、STDERR；广义上，标量变量就是一种代表数据的句柄。
perl中数值和字符串可以随意的使用递增和递减运算符。