知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信编程 >

R语言绘图—如何绘制常用的柱状图

时间:2020-08-24 12:50来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
柱状图是生信分析中常用而且很常见的图形,它能直观的表现数据的具体信息,下面我们给大家介绍几种常用的柱状图的绘制技巧。

R语言绘图—如何绘制常用的柱状图

柱状图是生信分析中常用而且很常见的图形,它能直观的表现数据的具体信息,而柱状图的绘制方法有很多种,如何才能绘制出一个美观而且清晰的柱状图呢,下面我们给大家介绍几种常用的柱状图的绘制技巧。
我们先来看一下最简单的一种柱状图,如下:
 
这是一个基因的邻接节点的柱状图,它的纵坐标是基因的名称,横坐标是基因的邻接节点的数目。从这个图我们可以很直观的看出每个基因的邻接节点的数目而且可以很容易的找到邻接节点数目最多的基因。
 
我们来看一下它的输入文件,输入文件有两列一列是基因名一列的节点数目。
 
要绘制这样的一个图形,我们先打开R,然后设置工作目录,读取输入文件 。
 
然后将第二列邻接节点的数据转换成数值输入到R中,这样我们的数据就进入的R,我们可以在R中显示我们的数据。
 

接下来就是绘制pdf图,我们设置好图形的宽度和高度,以及图形的边框距,然后就可以通过barplot绘制这个柱状图。为了让这个图形看起来更加直观,我们可以将具体的节点数显示在柱状图内。最终就可以得到我们想要的结果图形。
 

介绍完了这种方法后,接下来我们介绍另一种柱状图,图形如下:
 
这个柱状图我们也经常要用到,与前面一个柱状图相比,这个图形每个基因有多个样品,这样绘制起来就相对复杂一点。
 
我们来看一下它的输入文件,这个输入文件是一个矩阵,总共有四列,第一列是基因的名称,后三列是基因的三个样品。
 
要绘制这样一个图,我们要利用barplot,将输入文件里的矩阵装置,使得它的行列互换,然后将基因的三个样品分别用不同的颜色表示,并在右上角绘制一个图标来显示三种颜色分别代表什么样品。
 
第三种柱状图相比前两种又更加复杂一些,它的横坐标是基因的数目,纵坐标是GO的名字,与第一个不同的是,它将柱子的颜色定义成了一个富集的显著性,通过柱子的颜色可以看出GO富集显著性。
 
然后我们可以看一下输入文件,这个输入文件就有三列,分别是GO的名字,数目和Pvalue值。
 
要绘制这样一个图,我们要用到ggplot2中的ggplot函数,所以我们先要引入ggplot2包,然后用scale_fill_gradient(low="red", high = "blue")命令绘制一个由红到蓝的渐变色来显示Pvalue,这我们就可以看到柱状图不同的GO富集的程度。

这就是我们向大家介绍的三种绘制柱状图的方法,感兴趣的学员可以关注我们公众号,购买我们相关的视频,里面会有详细的讲解,一步步教大家如果绘制各种各样的图形。



责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
加生信自学网群
BioWolf二维码生成器
------分隔线----------------------------
GEO芯片数据库挖掘生信视频教程
推荐内容
TCGA数据库挖掘文章套路生信视频教程
中药复方网络药理学文章套路生信视频教程