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TCGA下载和提取miRNA表达数据

时间:2017-06-05 14:01来源:原创 作者:BioWolf 点击:
这节课给大家讲解TCGA数据库下载miRNA表达数据,用脚本提取矩阵数据
一、数据库:TCGA
二、内容:下载miRNA表达数据文件,提取miRNA表达矩阵文件
三、癌症数据:宫颈鳞状细胞癌CESC
四、方法:
1、可视化下载txt原始文件
2、perl脚本提取miRNA表达矩阵,为接下来的差异表达做数据准备
五、下载步骤:
1、第一步和“TCGA临床数据下载”的步骤一样,直接参考
2、选择的方法:CASE选项框依次选择——"Primary Site"-Cervix——"Cancer Program"-TCGA——"Project"-TCGA-CESC——其他默认即可
Files选项框依次选择——"Data Category"-Transcriptome Profiling——"Data Type"-miRNA Expression Quantification——其他默认即可
数据库界面
这是右边可以得到Cases数目307个,Files数目312个,大小是15.70M,Cases数目大于Files的数目,说明某些样本有多个表达数据文件。
样本数目
3、点击"Add all files to the cart",然后进入右上角的"Cart"进入数据展示和下载页面
说明:"Cart"是TCGA数据库类似购物车的一个工具,里面是我们选到的数据界面。
4、在“Cart"页面中,我们需要下载3个数据:Metadata、"Download"-Manifest、Cart
说明:
Metadata:最后一次随访的临床数据
Manifest:样本注释文件,主要用于Data Transfer Tool工具下载数据时使用
Cart:压缩包,包含所有的txt文件,也就是miRNA表达数据的压缩包文件。
样本详情
5、当Cart文件夹大于50M时,只能通过Data Transfer Tool工具进行下载。我们这里的Cart是15.70M,可直接可视化下载。
样本简介
六、提取miRNA矩阵
1、解压Cart压缩包,得到312个文件夹,每个文件夹就是一个数据文件,需要把这些文件提取到一个矩阵文件。
2、把脚本文件,
Manifest文件、312个文件夹放在一个文件夹中,运行脚本,即可得到miRNA表达矩阵。
提取矩阵

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责任编辑:伏泽
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