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TCGA数据库乳腺癌BRCA挖掘

时间:2017-11-01 10:10来源:原创 作者:森莘 点击:
乳腺癌(breaster cancer)是发生于乳腺上皮或导管上皮的恶性肿瘤。TCGA数据库保存了1000多个乳腺癌样本,属于样本信息非常齐全的肿瘤,同时临床信息也很齐全,是临床分析和学术研究的
在TCGA数据库,乳腺癌的代号是BRCA,样本情况:
基因:normal:113个,tumor:1109个
miRNA:normal:104个,tumor:1103个
其中基因主要是由mRNA和lncRNA组成,如果只需要分析基因表达,和生存,可以只学习生信自学网提供的《TCGA基础课程》;如果需要研究lncRNA,就需要把TCGA数据库乳腺癌的mRNA和lncRNA表达量分离出来,用到的方法可以学习由生信自学网录制的《ceNRA网络构建基于TCGA数据库》。
全世界每年约有120万妇女发生乳腺癌,有50万妇女死于乳腺癌,北美、北欧为高发区,我国属于低发区,但发病率逐年上升,京津沪及沿海地区为我国乳腺癌高发区。
乳腺癌的发生发展是个复杂的多阶段过程,涉及包括染色体不稳定性、癌基因的异常激活与抑癌基因的失活、细胞凋亡抑制等在内的多种机制。对于乳腺癌分子生物学的研究尤其集中在乳腺癌相关基因的功能研究。
BRCA1/BRCA2:80%-90%遗传乳腺癌-卵巢癌家族存在BRCA1突变,该基因可导致乳腺癌和卵巢癌的危险增加。
p53:p53突变或失活后失去对细胞周期的负调控作用,可导致肿瘤的发生。
Her-2:研究表明20-30%的乳腺癌患者存在Her-2基因的扩增或过表达,这部分患者因肿瘤进展迅速、易于复发转移预后较差。
C-Myc:C-Myc基因扩增参与BRCA1相关乳腺癌的发生和进展,并可能与其侵袭性组织病理学特诊有关。
BCL-2:50%以上的乳腺癌有BCL-2的表达,其高表达与乳腺癌细胞对顺铂耐药性有关。
Cyclin D1:Cyclin D1基因的表达在正常乳腺癌组织、乳腺增生、乳腺导管内原位癌以及浸润性癌中逐步升高,提示Cyclin D1基因表达与乳腺癌的发生密切相关。
Nm23:Nm23基因表达程度对判断淋巴结转移及患者预后具有一定的临床意义。
PTEN:PTEN基因的表达水平与乳腺癌的分化程度以及患者预后有关。

责任编辑:乐伟
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