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TMB与免疫细胞浸润联合分析差异免疫基因的提取

时间:2020-07-11 07:18来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
1、提取差异的免疫基因 2、表达和生存数据的合并

差异免疫基因的提取以及生存文件的合并

1、提取差异的免疫基因
提取免疫基因前,我们需要先从网站下载免疫相关基因的列表https://www.immport.org/resources,点击Gene Lists,进入免疫基因下载界面,点击 Gene Summary就可以把免疫相关的基因下载下来。


如图就是我们下载好的文件

之后我们新建一个文本文档,把我们下载好的基因的基因名复制下来,粘贴到文本文档中,命名为immune.txt,在把我们之前提到的差异基因diff.txt放到这个文件夹中,再加上我们的脚本文件,这样准备工作就做好了
在用R运行完我们的脚本文件后,我们就可以得到我们的结果图,这个图形的左边就是免疫的相关基因,右边是差异基因,两者取交集,就得到了中间的差异免疫基因,,还有一个保存着差异免疫基因的信息的文件。


2、表达和生存数据的合并
在对生存数据的合并前,我们要准备我们得到的差异免疫基因的名称,还有我们差异基因的表达文件和病人的生存时间文件,这在我之前的文章中就有得到,将三个文件连同我们的脚本文件一起放到一个文件夹里。

运行完我们的脚本文件,我们就可以得到一个表达基因和生存时间合并的一个文件

 


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