免疫细胞浸润分析1、得到免疫细胞的含量通过免疫细胞浸润的算法计算每个样品中免疫细胞的含量，我们首先了解一下免疫细胞浸润的算法，我们要根据前人的研究的结果，对前人研究的免疫细胞的表达体进行分析，得到免疫细胞的表达矩阵，然后我们从数据库里下载好数据，将我们的数据和前人的免疫细胞的表达体的数据进行联合分析，就可以得到每个样品里面免疫细胞的含量。就可以得到这样一个表格，表格的行名就是TCGA样品的名称，列名就是免疫细胞的名称，数据就代表免疫细胞在样品里的含量。   在分析之前，我们要准备输入文件和脚本文件。  我们先要将CIBERSORT脚本复制在R中运行，等待运行完成，在目录中，我们可以得到一个文件，这个文件包含所有样品免疫细胞的含量。   2、免疫细胞的含量柱状图 在得到免疫细胞含量后，我们可以通过柱状图对免疫细胞含量进行可视化。得到如下图，我们可以看到，这个图的横坐标代表样品，纵坐标代表免疫细胞含量。图中不同颜色代表不同的免疫细胞，在样品中的相对含量。  制作这个图，我们需要准备的输入文件是前面得到的Reaults文件，和脚本文件，将配置文件里的代码复制到R中运行，等待运行结束，我们就可以得到我们所需要的含量柱状图   3、免疫细胞浸润的小提琴图 免疫细胞浸润的小提琴图展示的是细胞在我们高低突变负荷组的差异情况，我们需要的输入文件是TMB文件和Reaults文件，这是之前得到的文件，还有就是我们的脚本文件。同样的运行脚本文件，我们就可以得到它的小提琴图。  从图中我们可以看出，每个细胞都对应两个小提琴图，绿色的代表低突变负荷组，红色的代表高突变负荷组，上面的p值如果小于0.05，则说明这个免疫细胞在我们高低突变负荷组是有差异的，如果大于0.05，则没有差异。  购买课程《肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路视频(TMB预后模型)》 精品课程推荐： 《泛癌多基因-基因家族文章套路》 《泛癌单基因文章套路》 《中药复方网络药理学》 《WGCNA四分文章套路》 《RNA结合蛋白RBP文章套路》 
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