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TMB与免疫细胞浸润联合分析TMB与基因之间的关系

时间:2020-07-11 07:19来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
高低突变负荷组的差异分析,基因名称转换成id

TMB与基因之间的关系及基因名称的转化

1、TMB与基因之间的关系
在之前的文章里我介绍了如何将我们转录组的矩阵按照我们肿瘤突变负荷进行了分组,把低突变负荷组的样品放前面,高突变负荷组的样品放后面,接下来我们就可以做高低突变负荷组的差异分析
接下来我们进行具体操作,我们要用到这两个文件,文件我在之前的文章里已经提及,各位学员可以去查找,除此之外还有我们做差异分析的脚本文件,这个有需要的学员可以购买相关的视频学习。

在在配置完脚本文件后,在R中运行该脚本,就可以得到我们最后的结果
 
经过差异分析我们可以得到这样一个表格,它的第一列是基因的名称,第二列就是基因在低突变负荷组表达的均值,第三列就是在高突变负荷组表达的均值,还有之后的logFC显示它在突变负荷组的变化情况 ,pValue表示基因在两组之间检验的P值,最后进过pValue矫正得到fdr值。

做完差异基因后,我们还可以绘制这样的热图,横坐标代表样品名,纵坐标代表基因,将低突变负荷组和高突变负荷组分成左右两块。

2、基因名称转换成id
找到了差异基因后,接下来我们就可以做GO的富集分析,在这之前,我们需要先将基因的名称转化为id,我们才可以使用R做富集分析,我们准备刚才得到的dff.txt文件,和我们的转化id的运行脚本。

通过我们的R软件运行脚本文件后,我们就可以得到我们的转化后的文件。里面就包含了基因名和对于的id名。


 
 

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责任编辑:乐伟
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