知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > TCGA >

TMB与免疫细胞浸润联合分析肿瘤突变负荷和临床

时间:2020-07-11 07:19来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
主要分析肿瘤突变负荷在不同的临床分组间是否具有差异,按肿瘤突变负荷对我们的表达突变数据进行分组,从而得到转录组的矩阵。

肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析

1、肿瘤突变负荷和临床性状的相关性分析

这次我们主要分析肿瘤突变负荷在不同的临床分组间是否具有差异。
通过结果可以的看出,肿瘤突变负荷和年龄、性别、分级、分期等的关系。

在进行临床性状的相关性分析前,我们需要准备肿瘤突变的TMB文件、临床数据文件和运行脚本。

我们先要对临床数据文件进行整理,先要对年龄进行排序,将年龄分成小于等于65岁和大于65岁两部分,然后是对分级一列进行排序,将G1和G2分为一组,G3单独放一组,同样的方法对分期、T分期、M分期、N分期进行排序,同样分为两列,如果想做三列四列的可自行修改。修改完之后就将临床数据保存到txt文件中

一切都设置好后,用R运行脚本,就可以得到我们的临床性状的差异图



2、按TMB对转录矩阵分组
接下来我们要按肿瘤突变负荷对我们的表达突变数据进行分组,从而得到转录组的矩阵。
我们要准备转录组的矩阵,还有我们的肿瘤突变负荷文件,最后是运行的脚本文件。

运行完我们的pl脚本后,我们就可以得到一个新的矩阵,在这个矩阵里,我们吧地突变负荷组的样品放在前面,高突变负荷组的样品放后面

购买课程《肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路视频(TMB预后模型)》
精品课程推荐:

《泛癌多基因-基因家族文章套路》
《泛癌单基因文章套路》
《中药复方网络药理学》
《WGCNA四分文章套路》
《RNA结合蛋白RBP文章套路》


责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
加生信自学网群
BioWolf二维码生成器
------分隔线----------------------------
GEO芯片数据库挖掘生信视频教程
推荐内容
TCGA数据库挖掘文章套路生信视频教程
中药复方网络药理学文章套路生信视频教程