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可变剪切挖掘生信文章解读

时间:2019-07-29 22:59来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
【可变剪切文献解读】Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer
可变剪切挖掘生信文章解读
文献:Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer

文献下载:关注微信公众号:biowolf_cn,回复“可变剪切”,即可下载文献原文。
背景:新的证据表明异常选择性剪接(AS)是癌症发展和进展中普遍存在的事件。然而,与结直肠癌发生和进展有关的异常剪接事件的信息仍然不清楚。

材料与方法:本研究从肿瘤基因组图谱(TCGA)中获取499例结肠癌(COAD)和176例直肠腺癌(READ)的临床病理信息,探讨选择性剪接事件与癌变的关系。结直肠癌(CRC)的发生和预后。利用多种生物信息学工具进行了基因相互作用网络构建、功能和途径富集分析。

结果
:总的来说,大多数AS模式在结直肠癌组织中比相邻正常组织更活跃。我们共检测了35391例COAD中9084个基因的事件和34900例READ中9032个基因的事件,其中一些基因在癌组织和正常组织之间存在差异拼接,包括SULT1A2, CALD1, DTNA, COL12A1 和 TTLL12基因。在肌肉器官发育、细胞骨架组织、肌动蛋白细胞骨架组织、生物黏附和细胞黏附等生物学过程中,差异剪接基因丰富。Coad综合预测模型的AUC为0.805(敏感性:0.734;特异性:0.756),而Read预测模型的AUC为0.738(敏感性:0.614;特异性:0.900)。此外,还发现了一些与事件相关的预后,包括PSMD2, NOL8, ALDH4A1, SLC10A7 和 PPAT基因。

结论:我们总结了选择性剪接在结直肠癌发生和预后中的作用。构建了相互作用网络和功能连接,阐明了CRC选择性剪接的基本机制。
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Alternative splicing events implicated in carcinogenesis and prognosis of colorectal cancer文章分析步骤:
Step1:对COAD和READ的可变剪切事件进行了统计,总结各可变剪切类型所发生的次数,以及对应的基因数,采用UpSet图进行展示。

Step2:识别差异可变剪切事件,并对其中部分基因构建基因互作网络


Step3:可变剪切基因进行GO和KEGG富集分析

Step4:评估可变剪切事件预测CRC发生的能力

Step5:多cox回归分析识别预后因子,并对其中显著相关的预后因子进行分析。

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责任编辑:乐伟
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