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糖酵解预后模型模型基因cbioportal突变情况

时间:2020-03-29 07:55来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
糖酵解预后模型模型基因cbioportal突变情况
糖酵解预后模型模型基因cbioportal突变情况
网址:https://www.cbioportal.org

1、进入页面,在中间的搜索框输入疾病关键词“stomach”,点击搜索,就可以看到结果页面,找到胃癌的相关信息,找到TCGA官网相关对应的数据“Stomach Adenocarcinoma(TCGA,PanCancer Atlas)”,然后把该数据前面的勾选框选上

2、点击“Query By Gene”,进入选页面,在Select Genomic Profiles选择“Mutations”、“Putative copy-number alterations from GISTIC”,第二栏选择默认的样本就行,在Hint框内输入我们的模型基因,比如输入“STC1 CLDN9 VCAN PLOD2 CXCR4”,在搜索框下方出现绿色“All gene symbols are valid”,说明输入的基因都检查到,可以做接下来的分析

3、点击“Submit Query”,进入结果页面

纵坐标:模型基因 模型基因在所有肿瘤样品的突变频率
横坐标:所有肿瘤样品
灰色代表没有突变,不同颜色代表不同突变类型
图片上方有“Download”按钮,可以根据自己的需求下载图片格式

4、点击页面中的“Mutations”按钮,可以进入每个基因的结果页面,在图片的右上角,有下载按钮,可以根据自己的需求下载图片格式


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责任编辑:乐伟
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