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预后免疫基因对的筛选和模型的构建

时间:2020-09-24 16:49来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
我们将免疫基因对生生存数据合并之后,我们就可以找出哪些免疫基因对和生存是相关的,接着就可以构建预后模型。

预后免疫基因对的筛选和模型的构建

筛选预后免疫基因对
我们将免疫基因对生生存数据合并之后,我们就可以找出哪些免疫基因对和生存是相关的,下面是对免疫基因对进行筛选后得到的表格

在这个表格里面它的第一列就是免疫基因对的名称,第二列是HR值,HR值如果大于1的话就说明这个基因对是高风险的免疫基因对,如果小于1的话就说明这个免疫基因对是低风险的免疫基因对。最后一列是P值,如果P值小于0.05的话就说明这个免疫基因对和生存是相关的。

下面具体操作
输入文件的话我们需要用到TCGA免疫基因对和生存时间合并后的文件。

其中包含免疫基因对的名称,生存时间,生存状态和免疫基因对的状态,及表达量的比较,
 
然后是脚本文件,配置好脚本的工作路径后,可以在R中运行,等待运行完成后,我们就可以得到两个输出文件。一个是我们前面介绍的筛选后的表格文件,另一个是跟我们预后显著相关的免疫基因对,用于接下来构建预后相关的模型。
 


预后模型构建
得到预后相关的免疫基因对之后,下面我们就可以构建预后模型,通过下面这个过程来构建预后模型
 
左边的两列一列是免疫基因对,一列是系数,我们用免疫基因对乘以它的系数,然后累加起来。这就是预后模型构建的公式,这样我们就可以计算每个病人的风险值,最终就会得到TCGA和GEO病人的风险值文件。


 
然后也可以绘制出ROC曲线,根据绘制出ROC曲线,我们可以找到最优的cutoff(下图),根据最优cutoff将病人的风险值划分为高低两组。

这个图形的横坐标是假阳性率,纵坐标是真阳性率。



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责任编辑:乐伟
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