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免疫细胞浸润与免疫细胞的相关性

时间:2020-09-25 20:58来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
1、免疫细胞浸润 2、免疫细胞的相关性

免疫细胞浸润与免疫细胞的相关性

 免疫细胞浸润
免疫细胞浸润主要是根据我们免疫细胞浸润的算法,将基因表达矩阵转化为免疫细胞含量的矩阵,通过免疫细胞浸润我们可以得到这样一个表格
 
这个表格,行名是样品的名称,列名就是免疫细胞的名称。
 
要得到这个免疫细胞浸润的文件,我们需要用到的输入文件是TCGA的表达矩阵,这个在我们之前的文件中已经得到了。
 

还有一个特殊的输入文件是ref.txt文件,这个文件不是我们之前得到的文件,而是由我们提供给大家的一个输入文件,里面是22种免疫细胞的表达谱,我们要根据者22种免疫细胞的表达谱来预测我们输入文件每个样品免疫细胞的含量。
 

最后就是脚本文件,也是由我们提供给大家,大家可以通过下面的链接购买视频,通过perl运行完脚本文件后,我们就可以得到免疫细胞浸润的结果文件,也就是开始提到的那个表格。
 

免疫细胞相关性
在得到了每个样品中免疫细胞的含量之后。我们要看一下这个免疫细胞的含量是否跟我们模型得到的高低风险相关,我们就可以绘制如下这样的图形

在这个图形里面。它的横坐标就是我们风险的分组,红色代表高风险组,蓝色代表低风险组,它的纵坐标就是免疫细胞的含量,如果我们要知道两组之间的免疫细胞是否具有差异,我们就要看这个P值。如果P小于0.05的话,就说明我们这个免疫细胞在高低风险组,它们是具有差异的。
再者,如果这个中位值在我们的高风险组里面更高,就说明细胞在高风险病人那里面的含量更高(左图),如果在低风险病人里面中位值更高,那就说明这个免疫细胞在低风险的病人里面含量更高(右图)。
 
下面我们绘制这样的两个箱型图,我们需要准备的输入文件就是免疫细胞浸润的结果文件,还有一个我们之前的文章中得到的TCGA的风险文件,我们需要其中的样品名和风险属性两列信息。
 

运行脚本文件,我们会得到很多个图形文件,一个包含免疫细胞名称,P值,差异显著性的文件(星星越多差异越显著)和一个用于后续绘制雷达图的文件。





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责任编辑:乐伟
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