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如何绘制免疫细胞相关性的雷达图

时间:2020-09-27 16:38来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
雷达图可以用来展示免疫细胞相关性的结果

如何绘制免疫细胞相关性的雷达图

        雷达图可以用来展示免疫细胞相关性的结果,在上一篇文章中得到了免疫细胞的相关性文件,我们可以用得到的免疫细胞相关性文件来来绘制雷达图。

下面是我们最终得到的雷达图结果

        我们来看一下这个图形,这个图形每个线段代表一个免疫细胞,这个图形里面有两天不同颜色的曲线,红色的曲线代表高风险组里面免疫细胞的含量,蓝色代表低风险组里免疫细胞的含量。有些免疫后加有星型符号,这个代表这个免疫细胞的差异是显著的,星星越多表示越显著。通过这个雷达图,我们可以很直观的展示免疫细胞相关性的结果。

        接下来我们看一下绘制这样的雷达图需要准备什么样的输入文件,输入文件就是我们上一篇文章中得到的雷达图的输入文件fmsbInput.txt以及相关性结果的统计文件corStat.txt。

我们先来看一下相关性的统计文件

它的第一列是免疫细胞的名称,第二列是P值,第三列是它的显著性

然后是雷达图的输入文件

里面有高风险组里免疫细胞的含量和低风险组里免疫细胞的含量。

有了这两个文件后,我们就可以利用我们的脚本文件来绘制雷达图,用R运行脚本文件后,我们就可以得到免疫细胞相关性的雷达图了。

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责任编辑:乐伟
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