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绘制气泡图

时间:2020-09-28 20:25来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
免疫基因对最后一节教大家如何绘制GSEA富集结果的气泡图

绘制气泡图

在GSEA富集分析中我们已经得到了GSEA富集的结果,接下来我们就可以对GESA富集的结果进行可视化,得到这样的气泡图,我们看一下这个图形

这个图形,它的纵坐标是GO的名称,然后它的横坐标就是富集的打分。这里的圆圈大小就代表的是富集相关基因的数目,然后圆圈的颜色就代表富集的显著性。圆圈越红的话就代表校正后的P值越小,也就是说我们的基因在这个GO上富集越显著,所以看这个图的话,我们主要是找这些颜色比较红的通路或者说功能作为我们重点关注的对象,这就是我们的气泡图
要绘制这样一个气泡图,我们要准备GSEA富集分析得到的结果文件fgseaRes.txt,以及我们的脚本文件。

通过R运行脚本文件,我们就可以得到气泡图。


这样免疫基因对的课程就到这里结束了,大家有什么问题可以关注我们的公众号告诉我们,我们会为大家提供详细的讲解和建议。我们有新的视频或者新的文章思路我们都会展示给大家供大家参考学习。


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