TCGAmiRNA做差异表达分析-生信自学网

在之前的推文我们讲解了如何从TCGA数据库下载miRNA数据，并且利用perl脚本提取miRNA的表达矩阵，这里给大家讲解如何做TCGA数据库miRNA差异表达分析，首先很容易想到，基因的差异表达分析，对，其实miRNA差异表达和TCGA数据库基因差异表达很类型。那么我们现在开始讲解TCGA数据库如何做miRNA差异表达分析。
首先我们要安装R包，如何还没有安装R软件的学员，先安装好R软件，再来安装R包。
这个是R包的命令：

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("edgeR")
install.packages("gplots")

安装好R包，接下来就是输入R脚本的命令，这个脚本是BioWolf培训中心专业开发的TCGA数据挖掘脚本。在设置过滤条件是，这里需要把过滤条件适当放宽，因为miRNA矩阵里面的miRNA总量不多，如果条件限制太过严格，就导致得不到差异基因了。
在R软件跑了上述脚本之后，我们就得到了差异表达的miRNA不多，这个是正常情况，需要理性看待，差异表格里面的参数也和基因差异表达时一样的。

foldChange=1
padj=0.05

setwd("目录")                  #设置工作目录
library("edgeR") 
bio=read.table("biowolf.txt",sep="\t",header=T,check.names=F)  #改成自己的文件名
bio=as.matrix(bio)
rownames(bio)=bio[,1]
biowolf=bio[,2:ncol(bio)]
dimnames=list(rownames(biowolf),colnames(biowolf))
bw=matrix(as.numeric(as.matrix(biowolf)),nrow=nrow(biowolf),dimnames=dimnames)
bw=avereps(data)
bw=bw[rowMeans(bw)>0,]
...
...