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TCGA数据库肿瘤突变负荷分析(TMB/tumor mutation burd

时间:2019-07-30 11:40来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
肿瘤突变负荷是一个比较热门的分析,而且频繁用于各大医院临床应用,通过肿瘤突变负荷的程度,可以预测生存期,以及病人的免疫治疗的疗效。
TCGA数据库肿瘤突变负荷
生信自学网新课程《TCGA数据库肿瘤突变负荷分析》即将上线
肿瘤突变负荷是一个比较热门的分析,而且频繁用于各大医院临床应用,通过肿瘤突变负荷的程度,可以预测生存期,以及病人的免疫治疗的疗效。
课程分四部分的内容:
第一部分:
肿瘤突变负荷简介
TMB就是肿瘤组织每兆碱基中突变的总数。通俗的讲,就是肿瘤基因的突变密度,也就是肿瘤基因组中平均有多少突变,包括基因编码错误、碱基替换、基因插入和确实错误的总数。
一定程度上可以理解成单位区域内发生变换的密度总量越大,肿瘤突变负荷(TMB)越高,那么可能相应的肿瘤相关的致癌突变越多,每个肿瘤的个性就越突出,越不同于正常细胞。
肿瘤免疫治疗的精髓就是通过各种方法换气、加强机体的免疫系统对肿瘤的杀伤。这种情况下,肿瘤突变负荷(TMB)越大,即突变越大的癌细胞,越不想正常细胞,越容易被免疫细胞发现,越容易成为肿瘤免疫的靶子,从而理论上讲越有可能对免疫治疗有效。
TMB越高的肿瘤病人对于免疫反应的效果越好。现在已知:高TMB可以帮助预测肿瘤免疫治疗在肺癌、膀胱癌、黑色素瘤等肿瘤病人中的疗效。
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突变数据下载
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突变数据常见图形





计算肿瘤突变负荷

第二部分:
临床数据下载和整理
TMB和生存关系
TMB和临床性状关系

第三部分:TMB和基因表达的关系
差异分析
根据肿瘤突变负荷中位值把样本分两组,做差异分析
差异热图
GO富集分析
KEGG富集分析

第四部分:
免疫浸润细胞
突变和免疫浸润关系


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责任编辑:乐伟
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