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【试学】GTEx联合TCGA数据库挖掘视频(解决TCGA正常

时间:2019-06-09 13:26来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)数据库,研究从来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本,涵盖44个组织(42种不同的组织类型),包括31个实体器官组织、10个闹

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Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)数据库,研究从来自449名生前
健康的人类捐献者7000多份尸检样本,涵盖44个组织(42种不同的组织类型),包括31个实体器官组织、10个闹分区、全血、2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系,作者利用这些样本研究基因表达在不同组织和个体中有何差异。

GTEx对几乎所有转录基因的基因表达模式进行了观察,从而能够确定基因组中影响基因表达的特定区域。

解决TCGA正常样品少/解剖图

 

课程内容:GTEx数据简介,GTEx和TCGA数据下载,GTEx数据库ID转换,统计各个器官表达量,解剖图绘制箱体图绘制,提取GTEx对应组织表达,TCGA数据库分组,TCGA数据库ID转换,GTEx和TCGA数据合并,差异基因表达,热图绘制,生存分析输入文件准备,基因名字转换为基因ID,GO富集分析,GO圈图绘制,KEGG富集分析,KEGG圈图绘制

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