知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > TCGA >

还在傻傻的说TCGA没有癌旁?GTEx来助力

时间:2019-06-14 13:52来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
你是否遇到这样的问题,TCGA癌旁太少甚至没有,做免疫做到后面癌旁样本只剩下5个一下的个位数,审稿人冷不丁的来一句这么少的癌旁有没有意义?那么有了GTEx数据库,有正常样品助
还在傻傻的说TCGA没有癌旁?
GETx数据库31个部位的表达数据来助力
你是否遇到这样的问题,TCGA癌旁太少甚至没有,做免疫做到后面癌旁样本只剩下5个一下的个位数,审稿人冷不丁的来一句这么少的癌旁有没有意义?那么有了GTEx数据库,有正常样品助力,这些都不再是问题。
我要先了解GTEx数据库:看简介
GTEx(Genotype-Tissue Expression,基因型-组织表达)数据库,研究从来自449名生前健康的人类捐献者的7000多份尸检样本,涵盖44个组织(42种不同的组织类型),包括31个实体器官组织、10个闹分区、全血、2个来自捐献者血液和皮肤的细胞系,GTEx对几乎所有转录基因的基因表达模式进行了观察,从而能够确定基因组中影响基因表达的特定区域。


GETx数据库这么强大,我也想试试。当然可以,我们给大家录制了《GTEx数据库联合TCGA做分析》的课程,进入了解课程,里面还有试学课程哦。
有学员再问,GTEx数据库的数据有什么用呢?最大的用途就是补充TCGA癌旁不足,如果可以达到这个目的,那么后面可做的分析就太多了,基本我们之前每一个套路都可以再来一遍,而且还不用担心重复,因为现在做联合分析的确实不多,脑洞打开的学员已经想到了,是先联合呢,还是先分离mRNA、lncRNA呢?看到要分离mRNA和lncRNA了,就知道这学员要做ceRNA网络构建了,这可是2017-2018年的绝对热门。对了,还有学员已经想到,免疫浸润套路,m6A套路,单基因挖掘,可以做的分析真是太多了,当然需要大家有一个清晰的思路,和对我们课程的精通。

看了这么多,我还是先学习《GTEx数据库联合TCGA做分析》的课程吧。
如果还觉得没底,我只想要一份整理好的正常人数据,拿来看看,然后自己试试?可以,我们整理了里面31个部位的表达矩阵(整理好的数据是处理过的:log2(X+1)
请联系微信:18520221056

生信自学网推荐:
《GTEx联合TCGA数据库挖掘》
《TCGA肿瘤免疫细胞浸润模式》
《TCGA肿瘤微环境》
《单基因挖掘套路基于TCGA数据库》



责任编辑:乐伟
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
马上与乐老师QQ联系 生信自学连
BioWolf二维码生成器
顶一下
(2)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
BioWolf腾讯课堂
推荐内容
秒杀活动
生物信息学在线培训