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TMB浸润联合分析转录组数据id转换以及临床数据的

时间:2020-07-11 07:20来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
转录数据id的转换 临床数据的下载和整理

转录组数据id转换以及临床数据的下载和整理


1、转录数据的id转换
通过前面数据的整理我们得到一个行名为id,列名为样品名的矩阵,接下需要为这个矩阵进行转换,得到
一个行名为基因的名称,列名为样品名的矩阵。需要用到symbol脚本,human配置文件,mRNAmatrix矩阵。


运行命令行即可得到id转换后的矩阵。

2、临床数据的下载
之后我们进行临床数据的下载
进入网页TCGA GDChttps://portal.gdc.cancer.gov/

清空购物车,进入下载界面
点击下载的疾病类型,项目等,根据自己的需求进行筛选

之后点击file进行临床数据的选择,最后添加到购物车里进行下载

在购物车中点击cart就可以进行下载,由于文件较小因此可以不用下载Manifest文件,
下载完后解压就行了

3、临床数据的整理
接下来进行临床数据的整理,需要用到临床数据和getClinical脚本文件,通过命令
行进行提取后就可以得到最终文件


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责任编辑:乐伟
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