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TMB与免疫细胞浸润联合分析风险生存曲线和ROC曲

时间:2020-07-11 07:12来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
风险生存曲线和ROC曲线、CNV与免疫细胞的关系

风险生存曲线和ROC曲线以及CNV与免疫细胞的关系

风险生存曲线和ROC曲线
在我们构建好预后模型,根据预后模型的计算公式,我们就可以得到每个病人的风险值,根据风险值的中位值,我们可以把病人分为高低风险两组,我们可以比较两组之间生存是否具有差异,就可以绘制风险生存曲线
我们要准备的输入文件有,之前得到的风险文件,和我们的脚本文件。将脚本文件的工作路径设置好,复制粘贴到R中运行,等待完成,之后我们就可以得到我们的风险生存曲线图片和ROC曲线图片。

下面就是得到的风险生存曲线图形,在这个图形里面,横坐标是生存时间,纵坐标是生存率,根据我们风险值的中位值,我们可以得出高风险的病人生存率低于低风险的病人


接着是ROC曲线,ROC曲线可以看出风险生存曲线分析的准确率,ROC曲线下的范围越大,风险分析的准确率就越高。

CNV与免疫细胞的关系
在分析CNY与免疫细胞的关系前,我们需要用到timer,打开地址https://cistrome.shinyapps.io/timer/,在里面填写需要下载的数据类型,点击提交,等待一会,之后就会出来这样一个图形,我们就可以将这个图片下载下来,同理复制其他基因下载图片。




之后在网址首页点击Survival,输入STAD,点击Plot KM Curve,就可以生成免疫细胞的生存曲线图片


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责任编辑:乐伟
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