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TMB浸润联合分析突变数据的下载以及maftools可视化

时间:2020-07-11 07:20来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
突变数据的下载 maftools可视化

 TMB与免疫细胞浸润联合浸润分析突变数据的下载及maftools可视化

1、TMB与免疫细胞浸润联合浸润分析突变数据的下载
在官网中下载突变数据https://portal.gdc.cancer.gov/,下载过程大经相同,我就不赘述了,学员可以关注我之前发布的文章,有兴趣的学员可以购买相关的课程进行学习。唯一值得注意的是,在FILE文件下载栏目里我们要选择突变数据进行下载


这是下载好的文件


2、maftools可视化
得到突变数据后,我们可以通过maftools对突变的数据进行格式化,得到突变数据常见的图形,分别对突变类型,碱基替换,每个样品的突变进行统计,对样品的综合进行统计,对每个基因进行统计。还可以得到如下瀑布图,横坐标为基因的名称,横坐标为样品的名称,显示基因的突变情况,如果基因在对应样品中没有突变的话,就用灰色表示,如果发生了突变,就用其他的颜色表示。我们还可以做突变的相关性图形,基因云图等。




进行具体操作,需要用到R包,下载地址https://www.r-project.org/,还需要用到moftools脚本。我们在运行这个脚本之前,需要在电脑上安装maftools包,下载地址http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/maftools.html

复制安装命令用R打开即可安装
接着将下载的突变数据其中一个软件进行解压,修改文件名,准备好输入文件,之后就可以进行R包进行分析。
利用moftools脚本在R包中运行之后就可以绘制出需要的图形



各位学员如果有兴趣的话可以通过下方的联系方式购买视频进行学习,包括运行脚本。
 
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责任编辑:乐伟
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