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Targetscan预测miRNA靶基因

时间:2017-06-05 14:12来源:原创 作者:BioWolf 点击:
miRNA靶基因预测的工具非常多,如果使用单个预测工具,得到的靶基因数目非常多,这是需要利用做交集的办法,减少miRNA靶基因数据,得到更加准确的靶基因,使用的方法就是多个预测工具分
miRNA:hsa-miR-486-5p
在线工具:miRDB、Targetscan、TangetMiner
实验方法:
1、分别在miRDB、Targetscan、TangetMiner三大在线工具预测hsa-miR-486-5p靶基因,下载相关靶基因
Targetscan在线工具界面
图1 Targetscan在线预测界面
miRDB预测工具界面
图2 miRDB在线预测界面
TargetMiner在线预测
图3 TargetMiner在线预测界面
2、三大在线工具预测的靶基因,做交集处理,得到相对可靠的miRNA靶基因
3、miRNA靶基因做GO功能分析
实验数据:
1、miRDB得到496个miRNA靶基因
   Targetscan得到35个miRNA靶基因
   TangetMiner得到2091个miRNA靶基因
2、三个在线工具预测结果做交集的,得到miRNA靶基因
交集基因
3、韦恩图
miRNA靶基因韦恩图


责任编辑:森莘
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:corale66)未经授权,一律禁止转载!
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