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单细胞测序scRNA-seq数据下载【生信分析】

时间:2019-07-30 07:20来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
如何从GEO数据库下载单细胞测序数据,单细胞测序数据也可以做生信分析,如果你有单细胞测序的实验数据,整理好矩阵,也可以自己分析,方法,方法很重要。
scRNA单细胞测序数据下载
生信自学网给大家准备了,生信分析如何挖掘单细胞测序数据:
《单细胞测序数据挖掘课程》

 数据下载步骤:
1、进入GEO数据库主页:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gds/

2、在搜索框输入关键词,比如合理我们研究乳腺癌,输入“breast cancer scran-seq”,点击搜索

3、进入搜索结果页面,我们看到有10个结果,那么我们要从中找到适合我们分析的数据,单细胞测序数据是细胞的数据,所以一般样品都有几百上千,如果样品太少说明不符合我们的研究需求。
比如在这里我们用这张芯片作为研究对象” Unravelling subclonal heterogeneity and aggressive disease states in TNBC through single-cell RNA-seq [RNA-Seq]”,有1534个sampes,点击芯片标题,进入芯片详情页。

4、进入芯片详情页,我们可以仔细读下芯片的说明,已经样本信息,这里作者整理的样本比较规范,有利于我们后期分析。


5、接下来我们就要把数据下载下来,我们拉到芯片的后面,找到“Supplementary file”原始数据,下载“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”,用于我们后面分析,有学员会有疑问,如果芯片没有“GSE118389_counts_rsem.txt.gz”怎么办呢?那么我们也可以下载“GSE118389_tpm_rsem.txt.gz”这个数据作为研究数据。

那么我们就把数据下载好了
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责任编辑:乐伟
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