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CEO数据库单基因分析cytoscape输入文件准备和子网

时间:2020-07-28 18:20来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
我们已经构建好了蛋白互作网络,接下来我们就希望使用cytoscape对我们的网络进行可视化,并且构建子网络。

cytoscape输入文件准备和子网络的构建

1、cytoscape输入文件准备
我们已经构建好了蛋白互作网络,接下来我们就希望使用cytoscape对我们的网络进行可视化,并且构建子网络。那我们需要构建子网路的话,我们就需要准备好cytoscape需要的输入文件,cytoscape的话,我们需要两个输入文件,一个是Network.txt,另外一个就是Node.txt,我们先看一下两个输入文件,首先是Network.txt。这个文件的话,第一列是基因的名字,第二列也是基因的名字,然后第三列就是这两列基因它们的关系。我们这里的话全部是蛋白互作的关系。另外一个就是Node.txt,Node.txt保存着我们这个蛋白互作网络里面它的节点的一个属性。我们看一下这个文件,这个文件的话,第一列就是节点的名称,也就是基因的名称,然后第二列就是这个基因的一个属性,也就是说这个基因他是上调还是下调的,所以我们就需要准备这两个文件。

要得到这两个文件,我们需要准备的输入文件是之前我们已经得到的string_interactions.tsv文件,里面保存着基因之间蛋白互作网络的关系。还需要我们得到的差异基因的表格文件diff.txt。


准备好这两个文件后,我们只需要用perl运行我们的脚本文件,我们就可以得到cytoscape的输入文件。


2、子网络的构建
我们已经准备好了cytoscape的输入文件,接下来我们就可以使用cytoscape对我们的蛋白互作网络进行可视化并且构建子网络,下面我们看一下这个构建好的子网络的图形。我们首先对我们的PPI网络进行可视化,就可以得到这样一个图形,在这个图形里面下调的基因用绿色的点表示,上调的基因用红色的点表示,如果两个节点之间有连线,就说明他们具有蛋白互作网络的关系。同时,我们可以将我们的目标基因用特定的颜色展示出来,比如说我们这个图里面我们就用蓝色代表我们的目标基因,然后就可以得到这样一个PPI网络。得到PPI网络之后,我们就可以通过这个cytoscape来查找我们这个PPI网络里面的子网络,这里的话我们是得到了三个子网络。

下面我们看一下具体的操作,再做分析之前我们需要在我们的电脑上安装,cytoscape,下面我们看一下怎么去安装cytoscape。因为cytoscape它要依赖我们的java平台,所以首先我们要在电脑上安装jre。安装过程我就不详述了,大家可以在网上查找安装教程进行安装。安装好java后,我们就需要下载cytoscape,我们在浏览器搜索cytoscape,进入官网,点击下载,将cytoscape下载下来。


下载好之后,打开cytoscape,导入我们之前得到的两个输入文件。导入文件之后,我们就可以对这些节点进行操作,改变其形状和颜色,具体操作大家可以通过下方的联系方式联系我们或购买我们相关的视频进行学习。



最终我们可以得到我们的子网络图形。




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责任编辑:乐伟
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