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NCBI表达谱芯片常用研究方法

时间:2017-06-09 10:01来源:原创 作者:BioWolf 点击:
NCBI数据库可以下载大部分GEO表达谱芯片数据,一个简单实用的研究思路非常重要,安装可操作的思路,结合自己的研究方向,可以得到不错的分析结果。
NCBI数据库提供大部分芯片数据的下载,有我们常见的mRNA表达芯片,miRNA表达芯片,甲基化芯片,对于一个初学者来说,如何下载和分析这些芯片,往往需要一些简单的知道,否则两眼一抹黑会浪费很多宝贵的时间。
在GEO数据库(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)下载研究相关的芯片数据。
每个数据集均需符合以下条件:
1、数据集来自全基因组RNA表达芯片;
2、实验使用人类癌症患者组织与正常组织对照。
研究方法提纲:
1、在GEO下载的原始芯片数据,导入GCBI(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/)在线平台。在该平台实验室内,创建一个分析基因芯片差异基因的实验方案,平台自动按设计的方案为导入的芯片数据做差异基因分析,获得差异基因。
2、利用DAVID6.8(https://david.ncifcrf.gov/summary.jsp)对差异基因进行GeneOntol-ogy功能富集分析(GO分析)。
3、利用KOBAS3.0(http://kobas.cbi.pku.edu.cn/anno_iden.php)基于KEGG数据库,进行信号通路富集分析。
4、最后利用STRING10.5(http://www.string-db.org/cgi/)进行差异基因编码蛋白的相互作用网络分析(PPI)。
完成好这些步骤我们就得到差异基因、差异基因的GO功能富集、KEGG功能富集、还有重要基因关系对、蛋白互作网络PPI,有了这些图和表,就可以出一份简单的报告了,这样的学习思路是不是很简单,更多生物信息学视频教程,请关注生信自学网,你生物信息学习的好伙伴。

责任编辑:森莘
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