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快速解决GEO芯片样本少的问题

时间:2018-03-11 08:52来源:原创 作者:森莘 点击:
做GEO数据分析的时候,你是否因为样本量太少苦恼呢? 做共表达网络的时候,是否因为样品少图形看起来很low呢? 学员反映的这些问题,我们老师很快给出了明确回复。

做GEO数据分析的时候,你是否因为样本量太少苦恼呢?

做共表达网络的时候,是否因为样品少图形看起来很low呢?

学员反映的这些问题,我们老师很快给出了明确回复。

样品是可以增加的
如果我们觉得每个实验的数据量太少,我们希望增大样品量,把多个实验的样品合并在一起。但是不同实验可能仪器不同,实验人员的熟练程度也不同,甚至试剂都不同,这样就会造成实验的batch差异

我们就需要进行实验批次矫正了(batch normalization)。

当然,在GEO下载多个实验数据的时候,如果我们只需要得到差异基因,那么可以直接学习GEO多芯片联合分析的课程

下面我们把具体的方法给大家展示,需要获取代码直接联系QQ;2749657388

微信:corale66

如何把多个芯片的样本合并:

 

1、需要准备的是三个输入文件,也就是我们从GEO数据库下载的三个芯片矩阵。
这三个文件就是我们GEO多芯片联合分析得到的矩阵文件。

2、有了这三个文件,通过我们的脚本,就可以得到一个batch normalization文件了。

3、接下来,我们就可以做我们想要的分析,比如大样品的差异分析、共表达分析。

 

 

责任编辑:森莘
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:corale66)未经授权,一律禁止转载!
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