知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > GEO >

GSEA富集分析

时间:2018-03-19 14:05来源:原创 作者:森莘 点击:
GSEA富集分析是芯片分析一项重要的分析内容
1.     进入官网下载GSEA,可以下载下载桌面板,也可以用java版更小更方便啦。
http://software.broadinstitute.org/gsea/downloads.jsp

2、把下载的GSEA安装号,就进入软件的界面。

3、准备文件。
一定要看清我文件后缀

a. 第一个文件在官网网站下载,也可不下。

b. 第二个文件是差异分析的基因,格式如下。

#1.2照写

19668是分析的差异基因总数,611是样本总数

Description是对gene的描述,因为有的学员拿回来的gene是探针名,这时候就可以在第二列写你的gene symbol,我因为去掉了探针名,所以就写的NA喽,GSEA格式就是这么要求的。
c. 第三个文件格式如下:

611是样本数,2是分组,1是啥我也不知道,嘿嘿。

第2行是组名,我做的肿瘤就分为normal和tumor,可以自行更换。

第三行是样本名,每一个样本在什么组,有多少就写多少,我写了611个。

4、进入GSEA。

将文件全部导入,有错误这一步就会报错,根据提示修改即可。

5、点击Run GSEA.

第一个选项是基因表达矩阵文件。

第二个就是官网下载的文件,这里看个人喜好,可以做KEGG,GO什么的,也可以在这里下载其他的功能注释数据库。
第三个就是自己选了,normal可在前在后。
6、探针转换基因名,我自带名称,选择的否。
如果选择True,下面的platform就要选一个注释的数据库,一般好像选第一个好像,我没试过,小伙伴们可以多尝试几个数据库。

7、 运行得到的结果。


责任编辑:森莘
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:corale66)未经授权,一律禁止转载!
马上与乐老师QQ联系 生信自学连
BioWolf二维码生成器
顶一下
(5)
100%
踩一下
(0)
0%
------分隔线----------------------------
发表评论
请自觉遵守互联网相关的政策法规,严禁发布色情、暴力、反动的言论。
评价:
表情:
用户名: 验证码:点击我更换图片
BioWolf腾讯课堂
推荐内容
一对一培训视频教程
生物信息学在线培训