TCGA数据库的挖掘是一项复杂的工作，经过1年多的努力，不断攻克难关，团队终于把TCGA数据库挖掘的代码都整理出来，录制成课程供需要的学员付费学习，当然也可以参加我们在各地开设的TCGA数据库挖掘培训班。
在学习课程过程中，难免遇到一些问题，有些学员有一定的分析基础，可以把相关问题解决，对于生信基础薄弱，需要得到论文需要的图和数据，就需要多花时间，遇到不懂的地方，直接咨询我们的老师，QQ：2749657388；微信：corale66
常见的问题做一下总结
一、软件的安装
TCGA数据库基础分析课程，包括R软件的安装，R包的安装，以及TCGA官网提供数据下载的gdc工具下载使用
R软件安装和其他window软件安装是一样的，这个大家都容易上手，经常出问题的地方就是R包的安装，介于电脑配置不同，系统不同，经常有各式各样的问题，再生信自学网我们也总结了一下，R包安装大家可以参考：R包安装常见问题

gdc工具是一个压缩包软件，解压就可以使用了，在CMD环境下，参照课程讲解很容易。

二、TCGA数据库改版
这个问题很多学员问到，一个网站的界面会经常改动，这个也说明我们后台工作人员在更新，这也正是TCGA团队值得称赞，数据值得信赖的依据，如果一个网站几年都不更新，那其中的数据也是没有什么价值的。当然界面经常改版，TCGA的数据却不经常改动，也就是说，我们下载的样本数据在一段时间是不会改变的，做一次重大数据调整涉及相对大的工作量，因为TCGA数据库的数据体量实在很大。
TCGA最新一次改版是在7月份，课程有些在线操作界面有所改动，大家在学习过程中可以参照：
TCGA改版说明

三、GDC工具数据下载
在数据下载过程中，有些学员经常遇到问题，这里需要提醒大家的是，耐心，不要着急，TCGA一个癌症的样本一般在300-500个，所以我们需要下载几百个样本数据，时间上肯定是需要的，在CMD输入下载命令之后，经常遇到某些样本没有下载成功，这个时候，要等工具下载完成检查有多少样本没有下载，如果是5个一下，可以用单个下载命令下载：
gdc工具+downlod+样本代号
如果是10个以上的样本没有下载成功，建议按照课程重新输入下载命令，重新输入下载命令，之前下载好的是不需要删除的，软件会自动覆盖，下载完成之后，我们可以拖动一下工作文件夹，看看里面有多少个文件，这样也可以验证是否下载完全。
四、差异分析
差异分析参数是可以改动的，foldChange=1，padj=0.05；这个是我们代码默认的，foldChange=1或者foldChange=2；padj=0.05或者padj=0.01或者padj=0.001；这个看分析癌症的差异情况，如果差异基因太多，可以把条件限制严格。foldChange越大，padj越小，得到的结果是会越少的。
差异分析时如果报错，请检查输入文件，也就是我们得到的矩阵文件，看看是不是哪一行有空，也就是如果某行没有数据，代码是会报错的，这个问题经常有学员遇到。

五、DESeq包运行
做差异分析我们用到了edgeR和DESeq，这里需要说明的是DESeq包比edgeR包严格很多，而且DESeq需要占用非常大的内存，很多学员遇到这样的问题，edgeR包可以顺利得到结果，DESeq包却卡死，这个不用担心，运行不出来，我们直接用edgeR运行的结果就可以了。
六、生存曲线
生存分析经常问到问题，这里需要注意的是在准备输入文件时，futime这个列是需要检查的，如果futime这一列有unkown的话，R软件运行会报错。

七、网易云课程学习
购买课程之后，进入学习，找到课程，有时视频不显示，可能是网速问题，直接刷新几次就可以了。购买课程之后，代码获取直接找QQ：2749657388，把购买的订单号截图，就可以了。
后面遇到其他问题咨询，会陆续更新在上面，大家可以参考学习。