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近期做孟德尔随机化的学员，经常遇到无法连接服务器，或者是time out 300 ，或者是一直得不到outcomeData，处理方法如下，可以试试：
1、登录网站 https://api.opengwas.io/api/ 
注册一个账号，用微软账号或者GitHub
注册成功，网站会得到一串id，复制保存好，关掉页面之后，不会再显示
 2、打开R4.3.3，安装好一下几个包，安装命令如下：
install.packages("remotes")
remotes::install_github("mrcieu/ieugwasr")
remotes::install_github("MRCIEU/TwoSampleMR")
devtools::install_github("MRCIEU/MRInstruments")
安装好之后，检查一下是否是新版的，检查命令：
packageVersion("ieugwasr")
packageVersion("TwoSampleMR")
ieugwasr是1.0.0；TwoSampleMR是0.6.0
 3、引用三个R包，命令：
library(ieugwasr)
library(TwoSampleMR)
library(MRInstruments)
 4、添加自己的token ID
在R输入这句命令，会出来一个保存id的界面，命令如下：
usethis::edit_r_environ()
准备好这句命令：
OPENGWAS_JWT = eyJhbGciOiJSUzI1NiIsImtpZCI6Im...
后面这一串就是自己刚申请到的token ID
把这句命令复制到界面，按ctrl+s保存即可
关掉R，重新启动
5、先引用之前安装的三个R包
library(ieugwasr)
library(TwoSampleMR)
library(MRInstruments)
然后在R输入这句命令，检查是否添加成功：
ieugwasr::get_opengwas_jwt()
如果添加成功，会在R出现这一串id
接下来检查自己的账号是否可用，在R依次输入两句命令：
api_status()
user()
如果得到如下界面，说明账号可用，否则可能是网络问题，或者前面操作出现错误
 6、检查是否可以调用数据，在R输入这句命令
outcomeData=extract_instruments(outcomes = 'ieu-a-8',clump=TRUE)
如果R不报错，说明成功，在R输入：
outcomeData
可以查看数据，数据出现，成功了
 
责任编辑：伏泽 作者申明：本文版权属于生信自学网（微信号：18520221056）未经授权，一律禁止转载！ |
