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生信绘图pheatmap热图R软件色条控制小技巧

时间:2020-02-05 11:12来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
生信绘图pheatmap热图R软件色条控制小技巧
介绍一个控制热图颜色范围并规定指定值颜色的小技巧。
R包:#install.packages("pheatmap")
调用R包:library(pheatmap)
使用的是R软件的pheatmap包,先生成随机数据:
set.seed(100)
data1<-c(runif(20,min=-2,max=2),rnorm(380,2,2))
data1<-matrix(sample(data1,400,replace = F),nrow=20)
data1如下:

查看数据范围:
range(data1)

使用上面的矩阵做热图,要求低值为蓝色,高值为红色,中间值为白色:
library(pheatmap)
pheatmap(data1,
         scale = "none",
         color = colorRampPalette(colors = c("blue","white","red"))(100)
         )

结果如下:

数据data1的数值范围是-4到8.6,所以上图的色条范围也是-4到8.6。但由于0的位置比较特殊,现在要求0的位置为白色,并且色条范围为-9到9,这里使用breaks参数重新定义色条范围并根据break范围划分颜色范围,代码如下:

#breaks
bk <- c(seq(-9,-0.1,by=0.01),seq(0,9,by=0.01))
#做热图:
pheatmap(data1,
         scale = "none",
         color = c(colorRampPalette(colors = c("blue","white"))(length(bk)/2),colorRampPalette(colors = c("white","red"))(length(bk)/2)),
         legend_breaks=seq(-8,8,2),
         breaks=bk)
结果如下:

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责任编辑:乐伟
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