知识的价值不在于占有,而在于使用。

生信自学网-速科生物-生物信息学数据库挖掘视频教程

当前位置: 主页 > 生信答疑 >

安装github上R包出错的处理方法,gwasglue安装不了

时间:2023-08-22 09:35来源:生信自学网 作者:伏泽 点击:
安装github上R包出错的处理方法,比如library(gwasglue)报错

最近很多学员在安装gwasglue R包时遇到问题,界面会显示说“HTTP error 403
比如安装gwasglue包:

install.packages("devtools")
devtools::install_github("mrcieu/gwasglue", force = TRUE)

在安装github上的R包时,经常会遇到这个问题,这是网站github上下载包,出现API下载速率限制的问题,并要求使用github_token取消api rate的限制。

解决方法就是申请一个github的token,然后保存到自己的R。

方法如下:

注册一个github账号,网址:https://github.com/

点击右上角头像,选择菜单“Settings”
github上R包安装出错

左侧菜单选择“Developer settings”

左侧菜单选择“Personal access tokens”--"Tokens(classic)"

选择点击“Generate new token”--"Generate new token(classic)"

进入填写界面,Note里面自己填个名称,英文的

Expiration选择有效期,一般选长期有效即No expiration

下面的选项全部勾选
github创建token

然后点击后面的Generate token,网站会自动创建一个token

记得保存好自己的一串字符,以后要用,也只会展示一次。

打开R4.3.0或者更高版本

在R界面输入这一串命令:usethis::edit_r_environ()

按回车,会弹出一个窗口,输入这一句命令GITHUB_TOKEN="ghp_6pqPFJSm8888888888888888888",其中“”里面的就是自己刚申请的token字符

输入这句命令之后,ctrl+s保存,就可以关闭R

然后重新启动R,复制命令就可以获取GITHUB安装R包的权限了。


加生信自学网群
责任编辑:伏泽
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:18520221056)未经授权,一律禁止转载!
BioWolf二维码生成器
------分隔线----------------------------
GEO芯片数据库挖掘生信视频教程
推荐内容
TCGA数据库挖掘文章套路生信视频教程
中药复方网络药理学文章套路生信视频教程