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生信分析在线工具汇总大全

时间:2019-07-09 11:26来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
在线工具一般具有“功能强大、操作简单、无需安装、用完就走”的特点,因此深受科研人员的喜爱。生信自学网在这里做个简单的整理。
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RNA二级结构
1、Mfold
工具链接:
http://unafold.rna.albany.edu/?q=mfold
 
2、RNAfold
工具链接:
http://rna.tbi.univie.ac.at/cgi-bin/RNAWebSuite/RNAfold.cgi
 
3、蛋白互作网络
String
工具链接:
https://string-db.org/
 
学习PPI网络构建,可以学习生信自学网专利课程:
《蛋白互作和共表达网络构建》
4、基因共表达网络
Coexpedia
工具链接:
http://www.coexpedia.org/
 
5、序列Motif
MEME
工具链接:
http://meme-suite.org/
 
6、Weblogo
工具链接:
http://weblogo.threeplusone.com/
 
7、基因信息查找
Genecard
工具链接:
http://www.genecards.org
 
8、序列展示
ESPript
工具链接:
http://espript.ibcp.fr/ESPript/cgi-bin/ESPript.cgi
 
9、Gene ID转化
BioMart
工具链接:
http://www.ensembl.org/index.html
 
TCGA数据库用的是ensembl ID,在分析的时候需要转换为GENE symobl,可以学习生信自学网的课程:
《TCGA基础课程差异分析生存分析》
10、g:profiler
工具链接:
https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/convert
 
11、韦恩图
Venny2.0
工具链接:
http://bioinfogp.cnb.csic.es/tools/venny/index.html
 
12、OmicShare 韦恩图工具
工具链接:
http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/venn

 
13、三元图
Ternary plot maker
工具链接:
https://www.ternaryplot.com/
 
14、基因结构分析
FGENES
工具链接:
http://softberry.com/
范例结果:
 

15、系统发育分析
iTOL
工具链接:
https://itol.embl.de/
 
16Evolview
工具链接:
http://www.evolgenius.info/evolview/
 
17、启动子预测
Promoter Scan
工具链接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/Promoter/
 
18、蛋白一级结构预测
PredictProte
工具链接:
https://www.predictprotein.org/home
 
19、ProtParam tool
工具链接:
http://web.expasy.org/protparam/
 
20、信号肽预测
SignalP
工具链接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
 
21、跨膜结构域
TMHMM Server v. 2.0
工具链接:
http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
 

22、亚细胞定位
PSORT
工具链接:
https://www.psort.org/
 
23、蛋白三级结构预测
SWISS-MODEL
工具链接:
https://swissmodel.expasy.org/
 
24、Phyre2
工具链接:
http://www.sbg.bio.ic.ac.uk/phyre2/html/page.cgi?id=index
 
25、短序列拼接
Cap3
工具链接:
http://doua.prabi.fr/software/cap3
 
26 、GO富集分析
OmicShare GO富集分析工具
工具链接:
http://www.omicshare.com/tools/home/report/goenrich.html
 
27、KEGG富集分析
OmicShare KEGG富集分析工具
工具链接:
http://www.omicshare.com/tools/home/report/koenrich.html
 
28、趋势分析
OmicShare 趋势分析工具
工具链接:
http://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/trend
 
29、蛋白结构域预测
Pfam
工具链接:
http://pfam.xfam.org/search
 
30、基因组杂合性评估
GenomeScope
工具链接:
http://qb.cshl.edu/genomescope/analysis.php?code=example2
 
31、圈图
CIRCOS
工具链接:
http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/
 


生信自学网推荐精品课程:
《单基因挖掘套路基于TCGA数据库》
《TCGA肿瘤突变负荷》
《GTEx数据库联合TCGA数据库挖掘》
《中药复方网络药理学》



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