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Cytoscape如何计算节点和边数目node和edge计数

时间:2020-03-12 13:26来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
Cytoscape如何计算节点和边数目node和edge计数
Cytoscape软件做生信分析中的作用非常强大,用到相关性分析,Cytoscape可视化是首选
在学员学习过程中,经常会问到三个问题:
如何计算节点数目
如何计算边数据
如何查看与每个节点连线数目

首先按照课程讲解构建网络,然后进行重要的操作
Tools——Network Analyzer——Network Analysis——Analyze Network


是的就是这么简单,然后在操作界面的右下角就可以看到结果展示:

首先查看节点数目和每个节点相关的节点:
点击Node Table,然后再上面有个保存按钮,弹出保存框,保存数据到本地:


保存之后,我们就可以看除表头数据的行数,这个就是网络里节点的数目:

接下来找到这个表格的Degree列,这一列就是每个节点与其相关的节点数目,用Degree排个序,就可以找到核心节点了

这样就轻松搞定两个问题,还有一个就是边的数目:
我们回到Cytoscape,再右下角选择Edge Table,保存数据到本地:


打开保存的文件,看下除表头文件有多少行,就直到边的数目,是的,困扰大家很久的难题就是这么简单,零基础学生生信,就上生信自学网
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责任编辑:乐伟
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