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GEO数据库肿瘤微环境分析简介

时间:2019-11-24 11:40来源:生信自学网 作者:乐伟 点击:
GEO数据库芯片肿瘤微环境分析简介
肿瘤微环境分析
从GEO数据下载和整理数据,然后用肿瘤微环境预测软件整理得到免疫评分和基因评分,根据免疫评分和基因评分,把样本进行分组,分别做基质细胞分组差异分析和免疫细胞分组差异分析,两种方法分别得到差异基因,这些差异基因做交集,得到最终的差异基因,用于做后续常见分析。
肿瘤微环境概念:
肿瘤微环境是肿瘤细胞所处的细胞环境,其组成包括细胞外基质、可溶性分子和肿瘤基质细胞。肿瘤微环境一旦形成,众多免疫细胞,如T细胞、髓源抑制性细胞,巨噬细胞等,都被趋化至此,构成肿瘤的微环境。

在肿瘤微环境中,免疫细胞和基质细胞是两种主要类型的非肿瘤组分,并且已被提出对于肿瘤的诊断和预后评估是有价值的。
肿瘤微环境预测软件:

ESTIMATE(Estimation of STormal and Immune cells in MAlignant Tumor tissues using Expression data)is a tool for predicting tumor purity , and the presence of infiltrating atromal/immune cells in tumor tissues using gene expression data . ESTIMATE algorithm is based on single sample Gene Set Enrichment Analysis and generates three scores:
1、Stromal score ( that captures the presence of stroma in tumor tissue ) .
基质细胞评分:评分越高,肿瘤微环境中基质细胞含量越高
2、Immune score (that represents the infiltration of immune cells in tumor tissue ) .
免疫细胞评分:评分越高,肿瘤微环境中免疫细胞含量越高
3、Estimate score (that infers tumor purity) .
综合评分:评分越高,说明肿瘤微环境中基质细胞和免疫细胞含量越高,肿瘤细胞含量越低,那么可以根据综合评分来推断微环境中肿瘤细胞纯度。
精品课程推荐:
《TCGA肿瘤微环境挖掘》
《TCGA单基因挖掘》
《TCGA数据库免疫细胞预后模型》


责任编辑:乐伟
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