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CEO数据库单基因分析独立预后分析过滤与临床相

时间:2020-07-25 16:39来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
我们已经找到了跟预后相关的基因,找到这些基因之后,接下来我们还要对它进行过滤,找出可以作为独立预后因子的基因,接着我们做临床相关性分析。

独立预后分析过滤与临床相关性过滤

1、独立预后分析过滤
我们已经找到了跟预后相关的基因,找到这些基因之后,接下来我们还要对它进行过滤,找出可以作为独立预后因子的基因。独立要分析,其实就是将我们的基因和临床数据一起输入,然后跟生存时间和生存状态进行比较,看我们的基因是否可以独立于其他的临床性状,作为独立的预后因子,如果它可以作为独立的预后因子的话,那么在临床上我们就可以使用这个基因的表达,来预测病人的一个生存期。下面我们看一下独立预后分析得到的表格,这个表格第一列就是我们基因名字,然后第二列就是HR值,HR值如果大于1的话就说明这个基因是高风险的基因,如果小于1的话就说明这个基因是低风险的基因。最后是P值,如果P值小于0.05的话就说明这个基因可以作为独立的预后因子。

下面我们准备独立做独立预后分析过滤的输入文件和脚本文件,输入文件是我们之前得到的生存显著的基因的表达量surSigExp.txt。以及我们的临床文件clinical.xlsx,我们要对临床文件进行整理,把不需要的列删除,保留需要的数据,然后对剩下的数据进行整理,得到整理后的文件,脚本文件由生信自学网提供。



用R运行脚本文件,最后得到独立预后分析的结果文件,还有独立预后分析显著的表达量。



2、临床相关性过滤
接着我们做临床相关性分析,通过临床相关性分析,我们可以得到这样一个表格。这个表格的话,第一列就是我们基因的名称,然后第二列到倒数第二列就是我们的各种临床症状。然后这里面的数值就代表的是我们的基因和临床性状相关性分析检验的一个P值。如果这个P小于0.05,就说明我们这个基因跟临床性状是具有相关性的。最后一列展示的该基因和多少个临床性状相关。

做临床相关性过滤的输入文件是我们得到的独立预后分析显著的表达量文件indepSigExp.txt和我们整理好的临床数据文件clinical.xlsx。之后我们还要对临床数据进行整理,将里面的数据改成我们需要的格式clinical.txt,这样我们的输入文件就准备好了。


通过R运行我们准备好脚本文件,我们可以得到临床相关性分析的结果文件cliCor.result.xls。




责任编辑:乐伟
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