GEO芯片分析，得到差异基因，如果分析差异基因相关性，除了可以做GO、KEGG富集分析，接下来最值得分析的就是蛋白互作网络，学习简单高效，在论文里面经常出现，蛋白互作网络构建一般用String在线工具，结合cytoscape的MCODE包获取核心网络。

TCGA数据库差异分析也可以得到差异基因，如何分析两个基因之间的相关性，可以做基因相关形分析；当然也可以做蛋白互作网络构建。

WGCNA包的使用非常重要，用于分析基因模块分类，也是论文中非常常见的分析。

如果需要学习蛋白互作网络构建、基因相关性分析、WGCNA包的使用，接下来的这个课程一定适合您：《蛋白互作网络与共表达网络》

如果对GEO、TCGA基础还不了解，请先学习《GEO基础课程》、《TCGA基础课程》

当然也可以选择网易云课堂在线学习：生物信息学
1、蛋白互作网络

2、基因相关性

3、WGCNA

4、cytoscape

好的数据分析，怎么少得了可视化，Cytoscape是共表达作图神奇，一个专业的Cytoscape课程是画图的保障，学习《Cytoscpae软件操作》