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TMB浸润联合分析TMB的计算和肿瘤突变的生存分析

时间:2020-07-11 07:19来源:生信自学网 作者:刘鑫 点击:
通过计算TMB和合并肿瘤数据对肿瘤进行生存分析

TMB浸润联合分析TMB的计算和肿瘤突变的生存分析

1、计算TMB
我们从TCGA下载好了maf格式之后,我们就可以通过算法计算出每个样品的肿瘤突变负荷,我们就可以得到一个这样的肿瘤突变负荷的表格,包含肿瘤id和肿瘤突变负荷的TMB。

计算TMB我们需要用到之前的input文件,还有计算TMB的脚本。

通过perl运行脚本后就可以得到我们需要的TMB.txt文件



2、TMB和生存关系
得到肿瘤突变负荷的TMB文件后,我们就可以进行生存分析,我们需要用到TMB文件和我之前的文章中提到的clinical.xls文件,首先我们需要对这个文件的时间进行排序,如果有时间为空的,我们需要将这些样品删除,之后我们也要对生存状态进行排序,排序好之后,我们复制id、生存时间、生存状态这三列,将其放入一个txt文件中


在进行生存分析前,我们要将两个txt文件进行合并,用准备好的survival脚本。通过R包进行合并,合并之后我们就可以得到病人的生存率图片,从图中我们可以得到我们高突变负荷组的病人的生存率是高于低突变负荷组。

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责任编辑:乐伟
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