[TCGA] 多因素cox分析模型构建 日期：2020-09-07 19:37:03 点击：5926 好评：0
多因素cox分析主要是为了构建生存模型，根据生存模型的公式计算每个病人的风险值。...
[TCGA] lncRNA风险生存曲线 日期：2020-09-07 19:29:01 点击：3871 好评：0
根据病人风险的中位值，将病人分成高低风险两组，可以绘制生存曲线图。...
[TCGA] 提取单因素显著的lncRNA 日期：2020-09-06 20:02:52 点击：3227 好评：0
通过单因素的cox分析得到跟生存相关的一些长非编码RNA，然后对其P值进行排序，选出满足条件的一些长非编码RNA来构建模型。...
[TCGA] lncRNA批量生存分析 日期：2020-09-05 20:54:22 点击：3421 好评：0
得到了一个和合并后的文件。有了这个文件，我们就可以做生存分析，下面我们具体讲解如何批量的做生存分析。...
[TCGA] 提取生存时间并与表达量合并 日期：2020-09-05 20:18:34 点击：3606 好评：0
在做生存分析前，我们首先要获得病人的生存时间和生存状态，并将长非编码的RNA和病人的生存时间合并在一起。...
[TCGA] lncRNA差异表达及热图的绘制 日期：2020-09-05 19:42:52 点击：5891 好评：0
得到了基因名字和基因属性的矩阵后，我们就可以利用该矩阵做差异分析，然后绘制差异热图。...
[TCGA] Id转换及添加基因属性 日期：2020-09-04 20:42:52 点击：3962 好评：0
我们要将得到的样品矩阵的id转化为基因的名字和基因的属性。...
[TCGA] 批量挖掘lncRNA数据合并 日期：2020-09-04 20:02:47 点击：3073 好评：0
从官网上下载好了数据后，要对所有的数据进行合并，合并成一个矩阵方便做后续分析。...
[TCGA] 批量挖掘lncRNA数据下载 日期：2020-09-04 16:49:11 点击：3628 好评：0
通过TCGA官网下载我们需要的数据...
[TCGA] TCGA数据库批量挖掘lncRNA视频课程 日期：2020-09-03 21:39:16 点击：3117 好评：0
TCGA数据库批量lncRNA课程概述...
[TCGA] NetworkAnalyzer计算网络相关属性 日期：2020-08-22 13:27:26 点击：3680 好评：0
在cytoscape3.0版本以后，集成了NetworkAnalyzer工具，这个工具可以方便的计算常用的拓扑属性。...
[TCGA] cytoscape—cytohubba查找hub节点 日期：2020-08-22 12:47:22 点击：17402 好评：0
Hub基因通常都是具有代表性的一些基因，如何从众多基因集中找出它的真身呢?今天我们给大家介绍以下Cytoscape中的Cytohubba模块。 ...
[TCGA] 免疫细胞相关性检验 日期：2020-08-17 17:37:47 点击：7773 好评：0
上一篇文章我们向大家介绍了免疫相关性分析的第一种方法，这一次我们要讲解免疫细胞相关性分析的第二种方法，也就是相关性检验的方法。...
[TCGA] 免疫细胞可视化与差异分析 日期：2020-08-16 14:57:06 点击：6872 好评：0
们已经得到了每个样品中免疫细胞的含量，接下来我们就可以对这个免疫细胞浸润的结果进行可视化,然后对免疫细胞进行差异分析。...
[TCGA] 多GSEA富集图及免疫细胞浸润 日期：2020-08-16 13:44:46 点击：5819 好评：0
通过GSEA富集分析，我们就可以知道我们基因它是通过什么样的功能，或者什么样的通路来影响肿瘤的发生。然后我们就可以对GSEA富集的结果的结果进行可视化,绘制多GSEA的富集图。...
[TCGA] GSEA输入文件的准备和富集分析 日期：2020-08-16 00:55:01 点击：6655 好评：0
我们这次要讲解的是GSEA富集分析。GSEA是一个计算的方法，用来确定是否一个预先定义的基因集，能在两个生物学状态中显示出显著的一致性的差异。...
[TCGA] 单基因生存分析和单基因临床相关性分析 日期：2020-08-15 01:34:34 点击：11238 好评：0
接下来我们要讲解单基因的生存分析，目的就是看一下我们的基因是否跟预后相关。做完生存分析后，我们就要做单基因的临床相关性分析....
[TCGA] 单基因的差异分析与单基因的配对差异分析 日期：2020-08-14 23:10:26 点击：7786 好评：0
我们已经找到了预后相关的核心基因，之后，我们可以用我们的得到的预后相关的核心基因进行后续的单基因的套路分析，我们首先可以做单基因的差异分析。...
[TCGA] Cox分析与预后相关的核心基因 日期：2020-08-14 11:59:04 点击：6258 好评：0
我们已经得到了Cox分析需要的输入文件，接下来我们就可以进行Cox分析,接下来我们就可以将蛋白互作网络的核心基因和预后相关的基因取交集，得到预后相关的核心基因。...
[TCGA] GSEA法基因功能富集分析原理详解 日期：2020-08-12 14:37:56 点击：7973 好评：0
GSEA是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择MSigDB中的一个或多个功能基因集进行分析...
[TCGA] WGCNA四分文章套路视频(TCGA和GEO数据库联合共表达 日期：2020-08-12 14:20:03 点击：1040 好评：0
这个课程是根据最新的文献(Identification of Hub Genes Associated With Development of Head and Neck Squamous Cell Carcinoma by Integrated Bioinformatics Analysis)录制。...
[TCGA] R配色收集3 ggsci 日期：2020-08-10 15:33:59 点击：4967 好评：0
ggsci提供了一系列高质量的调色板，其灵感来自于科学期刊、数据可视化图书馆、科幻电影和电视节目中使用的色彩。ggsci中的调色板可以作为ggplot2级别提供。...
[TCGA] 网络核心基因与cox分析输入文件的准备 日期：2020-08-10 15:19:36 点击：3128 好评：0
我们构建好蛋白互作网络后，就可以通过蛋白互作网络找出网络的核心基因。接下来我们就要使用cox方法找到预后相关的基因。在此之前，我们要准备好输入文件。...
[TCGA] Cytoscape输入文件的准备和可视化 日期：2020-08-09 17:57:10 点击：14780 好评：0
我们已经对差异的基因构建了蛋白互作网络，接下来我们希望使用Cytoscape对这个网络进行可视化。...
[TCGA] 研究免疫浸润的神器TIMER更新 日期：2020-08-09 15:42:11 点击：7251 好评：0
TIMER是交互式web工具，能够全面、灵活地分析肿瘤浸润免疫细胞并可视化，如今，TIMER升级到了TIMER2.0版本。...
[TCGA] 蛋白互作网络 日期：2020-08-09 13:18:57 点击：6249 好评：0
在我们找到了差异基因之后，我们想看一下这些差异基因之间是否具有蛋白互作的关系，这样我们可以通过构建这样的蛋白互作网络来查看...
[TCGA] GO与KEGG富集分析 日期：2020-08-08 22:40:50 点击：51099 好评：0
GO富集分析就是观察我们的基因在哪些功能上具有富集，KEGG富集分析的目的是就是观察我们的差异基因在哪些通路上具有富集...
[TCGA] 一项基于TCGA数据挖掘的研究（三） 日期：2020-08-08 11:52:59 点击：3079 好评：0
BTK有可能成为TME调节的指标，BTK与抽搐比例的相关性...
[TCGA] 无代码绘制相关性热图 日期：2020-08-08 10:47:05 点击：7396 好评：0
今天我们就给大家分享无代码高效绘制各种高大上的相关性热图的技能。...
[TCGA] 一项基于TCGA数据挖掘的研究（二） 日期：2020-08-07 13:18:51 点击：3689 好评：0
评分与LUAD患者的临床病理分期相关，免疫核心和StromalScore共享的DEGs主要表现为免疫相关基因的富集，PPI网络与单变量COX回归的交集分析，BTK表达与LUAD患者生存及TNM分期的相关性研究...
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1、免疫细胞浸润 2、免疫细胞的相关性...
这里教大家如何在GSEA上下载GO的数据集。...
临床数据的下载及整理...
肿瘤干细胞(Cancer Stem Cell, CSC),是指肿瘤中具有自我更新能力并能...
免疫基因对最后一节教大家如何绘制GSEA富集结果的气泡图...
