[TCGA] 一项基于TCGA数据挖掘的研究（一） 日期：2020-08-06 23:43:01 点击：3466 好评：0
肿瘤微环境(TME)在肺腺癌(LUAD)的发生发展过程中起着至关重要的作用;然而，在理解TME中免疫和基质成分的动态调节仍然是一个挑战，所以我在这向大家分享这样一篇研究报道。...
[TCGA] 差异Venn图与id转化 日期：2020-08-06 18:53:41 点击：3700 好评：0
我们已经对基质细胞的分组和免疫细胞的分组分别做了差异分析，我们得到了两个差异的结果，接下来我们就把这两个差异的结果取交集， 得到交集的差异基因。...
[TCGA] 基质细胞与免疫细胞的分组差异分析 日期：2020-08-06 15:52:36 点击：3625 好评：0
我们得到肿瘤微环境的结果之后，我们就可以得到每个细胞基质细胞的打分和免疫细胞的打分，就可以比较哪些基因在这两组之间是具有差异的，然后我们就可以做差异分析。...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境生存分析与 日期：2020-08-05 17:28:11 点击：3582 好评：0
1、微环境生存分析 2、临床相关性分析...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润微环境打分和生存 日期：2020-08-05 12:17:50 点击：3170 好评：0
我们已经计算好了肿瘤的微环境，得到了基质细胞和免疫细胞的打分，得到了这两个打分之后，我们就需要将这个免疫微环境的打分是跟我们的生存数据进行合并。...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润临床信息的提取与 日期：2020-08-05 00:09:45 点击：2891 好评：0
下载好了临床数据以后，我们就需要对这样的数据进行了整理，整理好了临床数据后，我们讲解开始肿瘤微环境。...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润id的转换和临床数据 日期：2020-08-04 16:29:13 点击：2848 好评：0
通过我们前面数据的整理，我们得到一个行名为id列名为样品名的矩阵，接下来我们需要对这个矩阵进行转换，得到一个行名为基因的名称，列名为样品名的一个矩阵。...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润转录组数据的下载 日期：2020-08-04 11:28:47 点击：2981 好评：0
在做免疫细胞浸润之前，我们要下载转录组的数据，下载好了数据后，我们的每个样品都是一个文件，我们需要把它整理成矩阵。...
[TCGA] 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润文章套路 日期：2020-08-03 14:00:03 点击：3213 好评：0
肿瘤微环境联合免疫细胞浸润文章套路 肿瘤微环境联合免疫细胞浸润，转录组数据下载，转录组数据整理，id转换，临床数据下载，临床数据整理，肿瘤微环境，肿瘤微环境打分和生存...
[TCGA] 透明细胞肾癌肿瘤突变负荷与免疫浸润的关系探 日期：2020-07-14 13:44:22 点击：3468 好评：0
TMB与生存结果、病理分期和肿瘤分级相关，低tmb和高tmb组基因表达谱的比较，识别hub tmb相关的免疫基因和突变体与免疫浸润的关系...
[TCGA] 细胞肾癌肿瘤突变负荷与免疫浸润的关系探讨（ 日期：2020-07-14 13:42:09 点击：2984 好评：0
调查透明细胞肾癌TMB的预后及其与免疫浸润的相关性...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析转录数组的下载和管 日期：2020-07-11 07:20:41 点击：2929 好评：4
转录数组的下载，数据的管理...
[TCGA] TMB浸润联合分析转录组数据id转换以及临床数据的 日期：2020-07-11 07:20:27 点击：3066 好评：0
转录数据id的转换 临床数据的下载和整理...
[TCGA] TMB浸润联合分析突变数据的下载以及maftools可视化 日期：2020-07-11 07:20:09 点击：4098 好评：2
突变数据的下载 maftools可视化...
[TCGA] TMB浸润联合分析TMB的计算和肿瘤突变的生存分析 日期：2020-07-11 07:19:55 点击：4329 好评：2
通过计算TMB和合并肿瘤数据对肿瘤进行生存分析...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析肿瘤突变负荷和临床 日期：2020-07-11 07:19:39 点击：3295 好评：2
主要分析肿瘤突变负荷在不同的临床分组间是否具有差异，按肿瘤突变负荷对我们的表达突变数据进行分组，从而得到转录组的矩阵。...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析TMB与基因之间的关系 日期：2020-07-11 07:19:25 点击：3119 好评：0
高低突变负荷组的差异分析，基因名称转换成id...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析GO富集分析与KEGG的富 日期：2020-07-11 07:19:07 点击：2510 好评：0
GO富集分析与KEGG的富集分析...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析GSEA富集分析 日期：2020-07-11 07:18:50 点击：3226 好评：0
GSEA富集分析...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析之免疫细胞的浸润分 日期：2020-07-11 07:18:36 点击：3606 好评：0
通过免疫细胞浸润的算法计算每个样品中免疫细胞的含量...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析差异免疫基因的提取 日期：2020-07-11 07:18:23 点击：3373 好评：0
1、提取差异的免疫基因 2、表达和生存数据的合并...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析单因素COX分析和预后 日期：2020-07-11 07:18:07 点击：3536 好评：0
单因素COX分析和预后构建模型...
[TCGA] TMB与免疫细胞浸润联合分析风险生存曲线和ROC曲 日期：2020-07-11 07:12:33 点击：3613 好评：0
风险生存曲线和ROC曲线、CNV与免疫细胞的关系...
[TCGA] eRNA-增强子RNA生信简介 日期：2020-05-17 06:40:13 点击：12941 好评：2
一类被称为增强子RNA（eRNA）的增强子转录的ncRNA被发现，eRNA的长度为0.5-5kb，因此可以分类为lncRNA。...
[TCGA] 肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路(TCGA数据 日期：2020-04-27 18:36:25 点击：4389 好评：2
肿瘤突变负荷联合免疫细胞浸润文章套路(TCGA数据库TMB预后模型)...
[TCGA] 运行生信自学网perl脚本报错merge.pl或者singleGene 日期：2020-04-08 07:38:10 点击：17861 好评：0
运行生信自学网perl脚本报错merge.pl或者singleGene.merge.pl...
[TCGA] 糖酵解预后模型模型基因cbioportal突变情况 日期：2020-03-29 07:55:11 点击：4720 好评：4
糖酵解预后模型模型基因cbioportal突变情况...
[TCGA] 糖酵解预后模型文章套路简介(glycolysis/临床性状 日期：2020-03-28 07:29:33 点击：7885 好评：4
糖酵解预后模型文章套路简介(glycolysis/临床性状生存分析)...
[TCGA] 糖酵解相关GSEA基因集下载 日期：2020-03-28 07:27:48 点击：12281 好评：0
糖酵解相关GSEA基因集下载...
[TCGA] Lasso回归生信应用可变剪切Lasso回归模型 日期：2020-02-23 09:50:29 点击：7982 好评：6
Lasso回归生信应用可变剪切Lasso回归模型...
癌症相关成纤维细胞CAF生信套路...
1、免疫细胞浸润 2、免疫细胞的相关性...
这里教大家如何在GSEA上下载GO的数据集。...
临床数据的下载及整理...
肿瘤干细胞(Cancer Stem Cell, CSC),是指肿瘤中具有自我更新能力并能...
免疫基因对最后一节教大家如何绘制GSEA富集结果的气泡图...
