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在线分析GDSC抗癌药物敏感性数据库

时间:2017-06-09 16:07来源:原创 作者:BioWolf 点击:
GDSC数据库进入网站就可以得到很多有用的数据,在线可以生成IC50半浓度图,火山图,单个多个癌症的药物敏感性散点图,所以说这个数据库非常实用。

进入DCSC数据库

一、点击Compound,进入所有药物的界面
抗癌药物截图

Name:名字

Synonyms:别名

Targets:作用的靶标

Targets pathway:靶标的pathway

PubCHEM ID:PubCHEM数据库ID

sample size:样品的大小

二、我们以第一个药物为例,继续操作,点击进去,就可以得到IC50的图示
IS50半浓度图

Number of cell lines screened:细胞系的数目

Maxlmum IC50(uM):最大的IC50

Geometric mean(uM):中位值

Minimum IC50(uM):最小的IC50

Min screening concentration(uM):最小的用药浓度

Max screening concentration(uM):最大的用药浓度
IS50对照表

这张表和上面IC50是对应的,每个细胞系对应的IC50值,表格的下面,可以选择到处到本地,选择自己需要保存的格式。

三、点击Volcano Plot可以得到火山图
火山图

横坐标:效应值

纵坐标:P值

圆圈大小:代表样品的数目,圆圈越大,说明样品的数目越大

圆圈的颜色:绿色代表突变会提高药物的敏感性,红色代表突变会提高药物的耐药性

表里有颜色标注代表有统计学意义,这里的筛选条件是FDR小于0.2,也就是20%
火山图参数

四、点击Scatter plots得到散点图
默认所有癌症的散点图

默认显示FDR最显著的,BRAF突变和野生型的对比。也可以点击Select Feature选择其他细胞系

右边是癌症类型,默认显示所有癌症的IC50,也可以自己选择对应的癌症,比如BRCA
单个癌症的散点图

MWW p value就代表了重要性参数

如果需要选择其他药物对癌症的影响,那么从第二步选择研究的药物,再一步一步到最后选择对象的癌症类型,就可以得到火山图和散点图。


责任编辑:森莘
作者申明:本文版权属于生信自学网(微信号:corale66)未经授权,一律禁止转载!
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